Deklaracja PIT-4R jest deklaracją roczną, składaną do końca stycznia roku następnego lub w następnym miesiącu po zakończeniu działalności.
Od 2007 roku Płatnik nie składa deklaracji PIT-4, ale zobowiązany jest do comiesięcznej wpłaty zaliczki na podatek dochodowy. W celu ustalenia kwoty zaliczki podatku do odprowadzenia do Urzędu Skarbowego należy naliczać co miesiąc deklarację PIT-4 (wersja 18). Natomiast na koniec roku należy naliczyć i wydrukować deklarację roczną PIT‑4R – dane do tej deklaracji zostaną pobrane z zapisanych w bazie deklaracji miesięcznych PIT-4 ze wskazanego roku.
domyślnie dodaje raport pomocniczy do wyliczenia PIT-4R. Wersja 18 deklaracji – występuje nieoficjalnie, w celu odróżnienia od wcześniej obowiązującego formularza. Istnieje możliwość przesłania deklaracji PIT-4R drogą elektroniczną. Szczegóły opisane zostały w rozdziale E‑Deklaracje.
W celu przygotowania deklaracji rocznej PIT-4R należy:
- Z menu głównego Płace i Kadry wybrać Zaliczki na PIT-4R,
- Z menu dostępnego przy ikonie
wybrać Deklaracja roczna PIT-4R (aktualnej wersji formular za) - Obliczyć deklarację za wybrany rok
i zapisać 
.
Obliczona deklaracja może przyjmować różne statusy. Kolor:
- zielony – deklaracja naliczona, zapisana do bufora, może być skasowana, zmodyfikowana.
- czarny – deklaracja zamknięta (zablokowana przed zmianami).
- niebieski – deklaracja jest zaksięgowana (księgowanie dotyczy zaliczek miesięcznych do PIT-4R).
Listę zaliczek na PIT-4R można zawęzić do wybranego roku (pole Rok). Dostępne są również funkcje:
– Księgowanie deklaracji lub <F7>– księgowaniu podlegają tylko zaznaczone, zamknięte deklaracje (czarne). Księgowanie odbywa się na podstawie zdefiniowanych schematów księgowych. Zaksięgowana deklaracja zmieni kolor na niebieski.
– Dodaj lub <INSERT> – przycisk powoduje pojawienie się formatki, która pozwala na wyliczenie zaliczki na podatek – raport PIT-4 (wersja 18) – za dany miesiąc. z menu dostępnych opcji można wybrać:
- Deklaracja PIT-4 (wersja 17) – z wydrukiem PIT-4 według wzoru obowiązującego do końca 2006 r.,
- Deklaracja PIT-4 (wersja 18) – z pomocniczych wydrukiem zestawienia miesięcznych zaliczek na podatek dochodowy,
- Deklaracja roczna PIT-4R (wersja 2) – obowiązująca od 2008r,
- Deklaracja roczna PIT-4R (wersja 3) – obowiązująca od 2009r.
– Zmień – przycisk służy do podglądu i dokonywania ewentualnych zmian wcześniej obliczonej na deklaracji. Zapis może zostać również otwarty klawiszami <CTRL>+<ENTER> lub poprzez dwukrotne kliknięcie lewym klawiszem myszy na wybranym zapisie.
– Usuń lub <DELETE> – pozwala na całkowite usunięcie już wyliczonej deklaracji PIT-4R lub raportu pomocniczego PIT-4.
– Zamknij okno – przycisk powoduje zamknięcie okna Listy zaliczek na PIT-4.
Funkcje Dodaj, Zmień, Usuń są również dostępne w menu kontekstowym (uruchamianym poprzez jednokrotne kliknięcie prawego klawisza myszy).
Jeżeli deklaracja została zablokowana przed zmianami, wówczas jej zmiana ani usunięcie nie jest możliwe. W takim przypadku należy najpierw odblokować deklarację, korzystając z funkcji Odblokuj dostępnej w menu kontekstowym (prawy klawisz myszy).
Wszelkie obliczenia przychodów i podatku są realizowane przez program automatycznie na podstawie zgromadzonych w programie danych. Jednakże w przypadku błędnie wprowadzonych danych wyniki obliczeń będą oczywiście różne od oczekiwanych. Dlatego na użytkowniku spoczywa obowiązek kontroli, czy wprowadzone i przetwarzane dane są poprawne.
Po obliczeniu deklaracji, użytkownik powinien sprawdzić na formularzu deklaracji te pola, które nie są pobierane automatycznie przez program i wymagają ewentualnego uzupełnienia.
Na formularzu Zaliczki na PIT-4R (raport pomocniczy PIT4) pola od pozycji 44 do 50, 52, 54, 55 i 56 to pola edytowalne, które w razie konieczności powinny zostać uzupełnione przez użytkownika, pozostałe pola są wyliczane przez program.