W systemie istnieje możliwość wskazania, do którego rejestru kasowego/bankowego ma trafiać operacja skonta. Rejestr ten należy wybrać z listy rozwijanej rejestrów na definicji dokumentu Skonto w danym centrum. Na liście możliwe do wyboru są wszystkie rejestry dostępne w danym centrum struktury oraz opcja <Brak>. Po rozliczeniu płatności z przypisanym skontem, operacja typu skonto będzie tworzona we wskazanym rejestrze – w raporcie ustalonym na podstawie daty dokumentu operacji rozliczającej.
Dodatkowo, obok rejestru kasowego/bankowego, dostępny jest parametr Wg zapłaty. Jego zaznaczenie spowoduje, iż operacja typu Skonto będzie tworzona w tym samym rejestrze co operacja zapłaty za daną płatność.