Aktualnie, aby sprzedaż rejestrowana za pomocą paragonów została ujęta w rejestrach VAT, na deklaracji VAT-7 i w pliku JPK_VAT konieczne jest ujęcie paragonu lub korekty paragonu na zestawieniu sprzedaży detalicznej (ZSD) lub jego korekcie (KSD). Podobne zasady obowiązują również w sytuacji jeżeli do paragonów i korekt paragonów wystawiona jest faktura sprzedaży VAT lub korekta. Takiej faktury sprzedaży wygenerowanej z paragonu nie widać już w rejestrach VAT, aby nie dublować wartości sprzedaży.
W związku ze zmianą przepisów art. 109 ust. 3 ustawa z dnia 13 maja 2016 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2016 r. poz. 846) od wersji 2017.1 w polskiej wersji bazy danych możliwe jest ujmowanie w rejestrach VAT również faktur sprzedaży wygenerowanych do paragonów. Aby istniała taka możliwość z poziomu System Konfiguracja Księgowość należy zaznaczyć parametr Generowanie faktur VAT w rejestrze do faktur z paragonów – parametr ten jest domyślnie odznaczony. Po jego zaznaczeniu w momencie zatwierdzenia dokumentu faktury (lub jej korekt) wygenerowanej do paragonu powstanie dokument faktury VAT w rejestrze sprzedaży VAT (lub dokument korekty faktury VAT).
Po zaznaczeniu parametru Generowanie faktur VAT w rejestrze do faktur z paragonów na definicji dokumentów: FS/KIFS/KWFS użytkownik ma możliwość określenia do jakiego rejestru VAT ma trafić faktura VAT. Automatycznie podpowiada się opcja Domyślny z możliwością zmiany na inne rejestry VAT dostępne w danym centrum. W przypadku, gdy rejestr VAT zostanie odłączony od danego centrum w jego miejsce zostanie ustawiony rejestr Domyślny na definicji dokumentu.
Na fakturach VAT wygenerowanych do faktur wystawionych z paragonów ustawienie parametru VAT-7 zależy od typu rejestru. W przypadku rodzaju wzorca rejestru Proponowany parametr VAT-7 ustawiany jest na NIE (taka faktura nie zostanie uwzględniona na deklaracji VAT i w pliku JPK_VAT), natomiast w przypadku wzorca rejestru Obowiązkowy parametr ten jest ustawiany zgodnie z parametrami rejestru VAT.
Jeżeli Użytkownik będzie chciał ująć fakturę, a nie zestawienie sprzedaży w deklaracji VAT-7 i pliku JPK_VAT konieczne jest przestawienie parametru VAT-7 na TAK.
W momencie zaksięgowania paragonu lub wygenerowanej do niego faktury lub utworzonej faktury VAT, także pozostałe dokumenty zostają oznaczone jako zaksięgowane.
Po zaznaczeniu parametru Generowanie faktur VAT w rejestrze do faktur z paragonów oraz ponownym zalogowaniu do programu w zakładce Dodatki dostępna jest funkcja Generacja faktur VAT do faktur wystawionych za okres umożliwiająca wygenerowanie faktur VAT za wskazany okres od 1 stycznia 2017 r. Faktury VAT generowane są tylko w przypadku, gdy do danej faktury utworzonej z paragonu nie została jeszcze wygenerowana faktura VAT.