Po wyborze opcji Konfiguracja z menu Start otwarte zostaje okno, w którym ustalamy konfigurację programu oraz stanowiska (opisaną w Konfiguracja programu). Otwarcie konfiguracji jest również możliwe z poziomu okna głównego po wciśnięciu klawiszy <CTRL>+<F9> lub z poziomu paska Start w menu Nawigacji Comarch ERP Enterprise HR.