Okno Struktura organizacyjna jest dostępne tylko dla użytkowników z uprawnieniami administratora. Podzielone jest na trzy sekcje: drzewo struktury firmy; działy, stanowiska i pracownicy; właściwości działów, stanowisk i pracowników.
W panelu drzewa struktury firmy znajdują się informacje, które mogą zostać zaimportowane z Comarch ERP XL (Struktura firmy –> Struktura praw). Istnieje możliwość dodania do struktury nowego działu, stanowiska lub pracownika stworzonego w Comarch DMS. W tym celu należy kliknąć na ikonę „Dodaj”, zdefiniować nową wartość, a następnie przenieść dział lub pracownika do pierwszej sekcji za pomocą funkcjonalności drag&drop. Usuwanie danych z tego miejsca odbywa się za pomocą PPM (prawy przycisk myszy) klikając na dział lub pracownika do usunięcia. Odświeżanie listy obywa się poprzez kliknięcie na zakładkę (menu) struktury organizacyjnej. Drzewo struktury organizacyjnej nie prezentuje stanowisk poszczególnych pracowników.
Sekcja środkowa służy do definiowania nowych działów, stanowisk w firmie oraz pracowników. Aplikacja w szybki i łatwy sposób pozwala z tego poziomu dodać nowy dział, stanowisko w firmie i przypisać pracownika lub stworzyć nowego z unikalnym loginem.
[Importuj] – przycisk umożliwiający import zdefiniowanej struktury organizacyjnej z Comarch ERP XL,
[Dodaj] – funkcjonalność dodania nowego działu/stanowiska/pracownika,
[Dodaj] – funkcjonalność dodania nowego pracownika z systemu Comarch ERP XL,
[Zapisz] – funkcjonalność zapisu wprowadzonych zmian,
[Usuń] – umożliwia usunięcie z listy dodanego działu/stanowiska/pracownika.
[Nie prezentuj pracowników przy wyszukiwaniu działów umożliwia ukrycie pracowników na drzewie struktury organizacyjnej podczas wyszukiwania działów.
Na drzewie struktury organizacyjnej, a także na listach działów, pracowników i stanowisk dostępna jest wyszukiwarka. W przypadku wyszukiwania działu lub pracownika na drzewie struktury, po wpisaniu wyszukiwanej frazy na drzewie struktury zostaje podświetlony pierwszy wynik wyszukiwania
Aby przejść do kolejnego wyniku wyszukiwania należy posłużyć się przyciskami 
wyświetlanymi obok kontrolki wyszukiwarki.,
W przypadku list działów, pracowników i stanowisk po wpisaniu frazy, lista zostaje zawężona do wyników zawierających tę frazę.
Udostępniono pole, w którym należy wpisać wyszukiwaną frazę, lista działów i pracowników jest dynamicznie zawężana do zawierających wpisany tekst.
Obok pola wyszukiwania udostępniono przycisk odpowiadający za prezentowanie pracowników na strukturze.
Przycisk przyjmuje dwa stany:
(wyłączony) – pracownicy są prezentowani na strukturze
(włączony) – na strukturze wyświetlane są tylko działy
