Aplikacja Comarch Magazynier została zaprojektowana w taki sposób, aby interfejs był przyjazny i przejrzysty dla magazyniera, a praca z nią dawała mu satysfakcję. W związku z tym faktem, w aplikacji dostępne są różnego rodzaju udogodnienia. W całej aplikacji zastosowano taki sam układ okien zaprezentowany poniżej:
Pasek górny
Pasek górny, dostępny prawie na każdym oknie, składa się z następujących elementów:
Na przycisku 
wyświetlony jest identyfikator operatora zalogowanego do aplikacji. Naciśnięcie przycisku znajdującego się w menu głównym aplikacji spowoduje wyświetlenie się listy „Na skróty”
Dodatkowo, na niektórych oknach dostępne są przyciski wywołujące i ukrywające dane elementy okna:
Menu „na skróty”
Przyciski dostępne z poziomu listy „Na skróty” w Menu głównym aplikacji to:
- [Jednostki ładunkowej] – umożliwia przeglądanie listy jednostek ładunkowych,
- [Ustawienia] – umożliwia określenie ustawień aplikacji (Na skróty – Ustawienia),
- [Wyloguj (F8)] – umożliwia wylogowanie operatora z aplikacji,
- [Wyjdź] – umożliwia powrót do menu głównego aplikacji.
Lista magazynów
Na pasku górnym na przycisku 
wyświetlany jest kod magazynu w kontekście, którego zalogowany jest operator pracujący w aplikacji. Naciśnięcie przycisku spowoduje wyświetlenie listy dostępnych magazynów i umożliwi przelogowanie na inny magazyn. Wybór magazynu następuje po naciśnięciu na nazwę danego magazynu.
Listę magazynów można odfiltrowywać po kodzie magazynu, nazwie oraz po fragmencie nazwy magazynu za pomocą filtra umieszczonego na górze listy.
Część operacyjna okna
Część operacyjna okna składa się z następujących elementów:
Pasek dolny
Pasek dolny składa się z następujących elementów: