Aplikacja została zaprojektowana w taki sposób, aby interfejs był przyjazny i przejrzysty dla Magazyniera, a praca z nią dawała mu satysfakcję. W związku z tym faktem, w aplikacji dostępne są różnego rodzaju udogodnienia. W całej aplikacji zastosowano taki sam układ okien zaprezentowany poniżej:
Pasek górny, dostępny prawie na każdym oknie, składa się z następujących elementów:
Na przycisku 
wyświetlony jest identyfikator operatora zalogowanego do aplikacji. Naciśnięcie przycisku znajdującego się w menu głównym aplikacji spowoduje wyświetlenie się listy „Na skróty”
Dodatkowo, na niektórych oknach dostępne są przyciski wywołujące i ukrywające dane elementy okna:
Na pasku górnym na przycisku 
wyświetlany jest kod magazynu w kontekście, którego zalogowany jest operator pracujący w aplikacji. Naciśnięcie przycisku spowoduje wyświetlenie listy dostępnych magazynów i umożliwi przelogowanie na inny magazyn. Wybór magazynu następuje po naciśnięciu na nazwę danego magazynu.
Listę magazynów można odfiltrowywać po kodzie magazynu, nazwie oraz po fragmencie nazwy magazynu za pomocą filtra umieszczonego na górze listy.
Magazyny, które aktualnie podlegają inwentaryzacji jak i również magazyny, które zostały zablokowane przez operatora na karcie magazynowej w Comarch ERP XL, prezentowane są w aplikacji Comarch Magazynier na liście magazynów w kolorze czerwonym – Rys. poniżej. Gdy magazyn podlega częściowej inwentaryzacji, również jest widoczny na liście w kolorze czerwony, ale nie jest możliwe przyjmowanie, ani wydawanie inwentaryzowanego towaru.
Przyciski dostępne z poziomu listy „Na skróty” w Menu głównym aplikacji to:
- [Położenia] – umożliwia przeglądanie listy położeń i znajdujących się na nich towarów,
- [Towary] – umożliwia przeglądanie listy towarów,
- [Ustawienia] – umożliwia określenie ustawień aplikacji (Na skróty – Ustawienia),
- [Wyloguj (F8)] – umożliwia wylogowanie operatora z aplikacji.