Bezpośrednio po uruchomieniu usługi Comarch ERP e-Pracownik w chmurze Comarch zostanie wykonana pełna synchronizacja. Wszystkie dane, które mają być wyświetlane w Comarch ERP e-Pracownik,  zostaną wyeksportowane do chmury Comarch. Po poprawnie przeprowadzonej pełnej synchronizacji program automatycznie ustawi synchronizacje różnicowe. Synchronizacja różnicowa przesyła dane, które zostały zmodyfikowane (dodane/zmienione/usunięte) od ostatniej poprawnej synchronizacji (zalecany model pracy).Użytkownik może ustalić kolejną pełną synchronizację – w tym przypadku dane przesłane wcześniej do chmury Comarch zostaną usunięte i nadpisane danymi przesłanymi z Comarch ERP Optima.