Podczas wysyłki deklaracji VAT-7 kontrola poprawności podpisu nie jest tak dokładna jak przy wysyłce pliku JPK. Dlatego też zdarza się, że pomimo tego, że udało się wysłać deklarację VAT-7 to przy wysyłce pliku JPK podpis się nie pojawia. W takiej sytuacji jeżeli Użytkownik korzysta z podpisu kwalifikowanego (np. Szafir) wówczas należy zaktualizować ze strony producenta aplikację do obsługi karty kryptograficznej i zrestartować komputer. Warunkiem widoczności certyfikatu jest jego poprawne zainstalowanie w systemie operacyjnym. Certyfikat musi być prawidłowy (zaufany).

W celu weryfikacji poprawności certyfikatu należy uruchomić program certmgr.msc. W grupie certyfikatów osobistych należy sprawdzić, czy jest widoczny certyfikat, który ma być wykorzystany do podpisu. Jeżeli go nie ma w tym miejscu, oznacza to że certyfikat nie został zainstalowany w systemie Windows. Po wyświetleniu szczegółów certyfikatu należy na zakładce [Ogólne] upewnić się czy jest on aktualny oraz czy widoczna jest informacja: Masz klucz prywatny, który odpowiada temu certyfikatowi. Dodatkowo na zakładce [Ścieżka certyfikacji] musi być widoczny stan certyfikatu: Ten certyfikat jest prawidłowy – tak jak na poniższych zrzutach ekranu: