Aby kwoty, które zostały uzupełnione ręcznie na VAT-7 w poz. 36, 37, 38, 39 lub 47, 48, 49, 50 zostały uwzględnione w pliku JPK_VAT należy do rejestru VAT dodać odpowiedni dokument techniczny w rejestrze VAT.

Dokument taki nie musi posiadać żadnej pozycji, natomiast należy wybrać odpowiedni atrybut na zakładce atrybuty w sekcji JPK_VAT (jeden bądź więcej). Aby uwzględnić w pliku JPK_VAT kwoty wprowadzone w polach 36-39 należy do rejestru VAT sprzedaży wprowadzić dokument z atrybutem odpowiadającym polu na deklaracji VAT: 

Po wybraniu atrybutu uzupełniamy jego wartość kwotą z odpowiadającego mu pola na deklaracji. W celu spełnienia wymagań wzorca dokumentu elektronicznego, należy uzupełnić numer dokumentu (np.: Dokument techniczny do deklaracji VAT-7 pod plik JPK_VAT). Zalecamy kontakt z Urzędem Skarbowym celem uzgodnienia jakie dane powinny się na tego typu dokumentach znaleźć. W przypadku korzystania z atrybutów VAT-ZD ZAKUP NIEZAPŁ lub VAT-ZD ZAKUP ZAPŁAC należy na wprowadzonych dokumentach nie dodawać pozycji, natomiast uzupełnić numer dokumentu oraz wskazać kontrahenta jaki występował na fakturze, która ma zostać skorygowana.

Aby do pliku JPK_VAT przeszła tylko ta część z  faktury, która ma odliczenia warunkowo, należy podczas generowania pliku JPK_VAT zaznaczyć parametr „współczynnik szacunkowy struktury sprzedaży” i wskazać taką wartość współczynnika jaka wskazywana jest na deklaracji VAT-7.

Struktura generowanego w programie Comarch ERP Optima pliku JPK_VAT jest przygotowana zgodnie z broszurą objaśniającą strukturę pliku JPK_VAT udostępnioną przez Ministerstwo Finansów. Poniżej znajduje się link do tej broszury:
https://www.mf.gov.pl/documents/764034/6145258/Broszura+JPK_VAT%283%29+wersja+20180214.pdf
W broszurze zawarta jest informacja, że w pliku JPK_VAT jako datę zakupu przyjmuje się datę wystawienia dowodu zakupu.

Atrybuty powinny zostać dodane w odpowiednich rejestrach. W rejestrze zakupu dodajemy atrybuty związane z polami: 

Jeżeli paragony zostaną przeniesione zbiorczym zapisem do rejestru VAT, a następnie jeden z paragonów zostanie przekształcony do faktury, to należy przenieść fakturę z modułu Faktury/Handel do rejestru VAT. Faktura przenoszona jest z zaznaczonym parametrem Rozliczać w deklaracji VAT. Dodatkowo w rejestrze VAT sprzedaży tworzony jest w miesiącu wystawienia faktury zapis korekcyjny na kwotę ujemną równą sumie faktury, z datą deklaracji zgodną z datą uwzględnienia paragonu w deklaracji VAT-7. Zapis korekcyjny tworzony jest na kontrahenta !NIEOKREŚLONY! o nazwie Sprzedaż detaliczna, a w polu Dokument widnieje Kor. Detal [Numer korekty] z RRRR-MM-DD.

Od wersji 2018.1.1 w programie Comarch ERP została wprowadzona możliwość importu plików JPK_VAT do rejestrów VAT. Funkcja dostępna jest z poziomu JPK/ Import do rej. VAT. Po kliknięciu ikony  otwierane jest okno Import plików JPK_VAT do rejestrów:

Na oknie po kliknięciu ikony  . Wybór pliku należy wskazać źródłowy plik XML, z którego mają zostać importowane dane. Warunkiem powodzenia importu jest aby struktura wskazanego pliku była zgodna z wymaganą przez Ministerstwo Finansów strukturą JPK_VAT(2) lub JPK_VAT(3). W przypadku wybrania niewłaściwego typu pliku pojawia się stosowne ostrzeżenie i import danych nie jest możliwy.

Kliknięcie ikony   Uruchom import powoduje zaczytanie danych z pliku JPK_VAT do bazy. Ikona jest aktywna po wskazaniu poprawnego pliku JPK_VAT oraz zaznaczeniu rejestru sprzedaży i/lub rejestru zakupu do importu.

Wybranie opcji   Zamknij okno powoduje rezygnację z importu i zamknięcie okna.

W razie potrzeby należy skorzystać z operacji seryjnych dostępnych bezpośrednio w rejestrach VAT.

1. Na zaimportowanych dokumentach do rejestru zakupu VAT domyślnie ustawiane są odliczenia na TAK. Jeżeli więc na dokumencie przed eksportem do pliku JPK_VAT znajdowały się pozycje z odliczeniami na NIE oraz na TAK, wówczas do pliku zostaną wyeksportowane (a tym samym zaimportowane z niego) tylko te pozycje mające odliczenia na TAK. W przypadku odliczeń WARUNKOWO, po eksporcie do pliku te pozycje są mnożone przez szacunkowy współczynnik struktury sprzedaży. W związku z tym wartość brutto na zaimportowanym dokumencie w rejestrze zakupu VAT nie zawsze będzie się zgadzać z wartością brutto dokumentu sprzed eksportu do pliku JPK_VAT.
2. W przypadku rejestrów sprzedaży VAT w kolumnie Uwzględniaj w proporcji ustawiane są domyślne wartości dla poszczególnych stawek VAT: 
   • Uwzględniaj – dla stawek: 23%, 8%, 5%, 0%
   • Tylko w mianowniku – dla stawki ZW
   • Nie uwzględniaj – dla stawki NP.
3. W przypadku ustawionego w Konfiguracji Firmy/ Księgowość/ Parametry rodzaju księgowości księga podatkowa, na pozycjach zaimportowanych dokumentów w rejestrze sprzedaży VAT ustawiana jest kolumna KPiR Sprzedaż, natomiast na dokumentach w rejestrze zakupu VAT kolumna 10.Towary.
4. Jeżeli ustawiony jest rodzaj księgowości ewidencja ryczałtowa, na pozycjach zaimportowanych dokumentów w rejestrze sprzedaży VAT ustawiana jest stawka dla ryczałtu 3,00%.
5. Jeżeli w pliku JPK_VAT znajdowały się dokumenty z pozycjami wykazywanymi w deklaracji VAT-7 w polach: 36-39 i 47-50, a więc wynikające z zastosowania na dokumentach atrybutów JPK_VAT, pozycje te nie zostaną zaimportowane do rejestru VAT z pliku JPK_VAT.