Dokument nie posiadający żadnej pozycji nie powoduje żadnych konsekwencji podatkowych, kwota z takiego dokumentu nie zostaje uwzględniona na deklaracji VAT-7, a co za tym idzie nie ma konieczności wykazywania go w JPK_VAT.
Wyjątek stanowią tu dokumenty techniczne wprowadzane do rejestru VAT na potrzeby udokumentowania ręcznie wprowadzonych zmian na deklaracji VAT-7. Wyjątkiem są również dokumenty korygujące stawkę VAT, na którym kwota brutto wynosi 0, one również zostaną uwzględnione w pliku JPK_VAT.

Znajdujący się na dokumentach w Rejestrze VAT parametr JPK_FA nie ma wpływu na to, czy dokument trafi do obowiązkowego, comiesięcznego pliku JPK_VAT.
Do pliku JPK_VAT trafiają wszystkie dokumenty znajdujące się w rejestrach VAT i zakwalifikowane do deklaracji VAT-7.
Parametr JPK_FA dotyczy pliku JPK_FA składanego na żądanie Urzędu Skarbowego. Plik JPK_FA zawiera faktury wystawione w module Handel/Faktury. W związku z tym parametr JPK_FA w rejestrach VAT zaznacza się automatycznie podczas wprowadzania dokumentów bezpośrednio do rejestru sprzedaży VAT z pominięciem modułu Handel. Dzięki temu w pliku JPK_FA składanym na żądanie US pojawi się także dokument niemający swojego odzwierciedlenia w module Handel.
Na dokumentach zakupowych w rejestrze VAT parametr nie jest zaznaczany z automatu z uwagi na komunikat Ministerstwa Finansów mówiący, że podmioty prowadzące księgi podatkowe przy użyciu programów komputerowych nie mają obowiązku przesyłania faktur VAT dokumentujących zakup w plikach JPK_FA.

W przypadku plików JPK_VAT(3): 

Schema pliku JPK_PKPIR wymaga, aby uzupełnione były dane: nazwa oraz adres kontrahenta. W przypadku księgowania zbiorczego można uzupełnić w tych polach np. dane swojej firmy lub „zestawienie miesięczne sprzedaży”.

Paragony mogą być ewidencjonowane zarówno zbiorczo jak i pojedynczo.

Struktura pliku JPK_VAT(3) dopuszcza obydwa sposoby ewidencjonowania dokumentów fiskalnych. Przy zbiorczym ewidencjonowaniu dokumentów fiskalnych pliku w polu Nazwa kontrahent oraz Adres kontrahenta pojawi się wartość „SPRZEDAŻ PARAGONOWA” W przypadku pojedynczego ewidencjonowania dokumentów fiskalnych wystawionych na kontrahenta „Nieokreślony” w pliku również pojawi się informacja „SPRZEDAŻ PARGONOWA”, jeśli dokument jest wystawiony na inny podmiot dane przepiszą się bezpośrednio z dokumentu.

Obligatoryjność przesyłania Jednolitego Pliku Kontrolnego uzależniona została zarówno od struktury pliku, jak i wielkości podmiotu gospodarczego zobowiązanego do jego przesłania.

Ze względu na wielkość przedsiębiorstwa zostały podzielone na: 

Od stycznia 2017 roku każda mała, średnia i duża firma ma obowiązek comiesięcznego przesyłania struktury JPK_VAT do Ministerstwa Finansów.

Natomiast od stycznia 2018obowiązek składania pliku JPK_VAT mają także mikroprzedsiębiorstwa.

Pozostałe struktury przedstawiane są na żądanie odpowiednich organów, dotyczy to następujących struktur: JPK_KR, JPK_WB, JPK_MAG, JPK_FA, JPK_PKPIR oraz JPK_EWP. W przypadku tych struktur termin wejścia obowiązku składania również uzależniony jest od wielkości przedsiębiorstwa.

Prawo eksportu posiadają wyłącznie operatorzy, którzy dostali takie uprawnienie od administratora ze względu na to aby zabezpieczyć dane przed niepowołanym wglądem przez nieupoważnione osoby. Operator z uprawnieniami administratora może w Konfiguracji Programu/ Użytkowe/ Operatorzy na karcie danego operatora nadać mu takie prawo zaznaczając parametr Prawo do eksportu plików JPK.