Anulowanie nieobecności powoduje, że jest ona traktowana jakby była usunięta, ale jest możliwy jej podgląd z danymi z jakimi została zapisana przed anulowaniem. Nieobecność o statusie „Anulowana” nie jest uwzględniana przy żadnych obliczeniach, nie jest też wykazywana na deklaracjach i wydrukach. Jest wyświetlana na czerwono. Operację anulowania można zastosować, jeśli po rozliczeniu nieobecności w wypłacie, zaistnieje konieczność skorygowania rozliczeń związanych z tą nieobecnością – gdy np. czy wypłacono wynagrodzenie chorobowe zamiast zasiłku wypadkowego (spóźniona decyzja, że zwolnienie było spowodowane wypadkiem przy pracy), czy pracownik przebywający na dłuższym urlopie wypoczynkowym, zachorował w trakcie tego urlopu już po wypłaceniu mu wynagrodzenia za urlop. Anulowanie nieobecności – w przeciwieństwie do kasowania – jest operacją nieodwracalną. Aby anulować nieobecność, trzeba najpierw anulować wypłatę, w której tę nieobecność rozliczono. Po anulowaniu nieobecności, można dodać pracownikowi nieobecność korygującą, obejmującą cały okres nieobecności anulowanej, bądź jego część (można też dodać kilka krótszych nieobecności korygujących).