Słowo BRAK podstawia się do pliku JPK_VAT w przypadku kiedy na dokumentach w rejestrze VAT nie zostały uzupełnione obowiązkowe pola dotyczące nazwy, adresu lub nr NIP kontrahenta. W związku z tym użytkownik powinien zweryfikować, czy ostrzeżenie o słowach BRAK dotyczy dokumentów wystawionych dla osoby fizycznej lub raportu z kasy fiskalnej, jeśli tak to takie ostrzeżenia można zignorować. Natomiast jeśli ostrzeżenia dotyczą np. faktury sprzedaży dla podmiotu gospodarczego to należy na dokumencie uzupełnić brakujące dane i ponownie wygenerować plik JPK_VAT.

Zmiana wartości w arkuszu programu MS Excel nie zmienia wartości w pliku. Służy on wyłącznie do podglądu zawartości pliku. Zmiany zawsze powinny być wprowadzone bezpośrednio na dokumencie w rejestrze VAT, a sam plik JPK_VAT po wprowadzeniu zmian ponownie wygenerowany.

Prawo eksportu posiadają wyłącznie operatorzy, którzy dostali takie uprawnienie od administratora ze względu na to aby zabezpieczyć dane przed niepowołanym wglądem przez nieupoważnione osoby. Operator z uprawnieniami administratora może w Konfiguracji Programu/ Użytkowe/ Operatorzy na karcie danego operatora nadać mu takie prawo zaznaczając parametr Prawo do eksportu plików JPK.

Od 01.01.2018 obowiązek składania plików JPK_VAT dotyczy wszystkich podmiotów gospodarczych.

Plik JPK_VAT należy wysyłać co miesiąc, niezależnie od tego, czy podatnik rozlicza się z VAT-u miesięcznie, czy kwartalnie (metoda kasowa). Plik JPK_VAT należy wysłać również zawsze wtedy kiedy jest korygowana deklaracja VAT-7 (wysyłamy wtedy plik JPK_VAT korektę).