Najczęściej różnica w wykazanej zaliczce podatku spowodowana jest ustawieniem w konfiguracji  dodatków/umów pozycji na deklaracji PIT (System/Konfiguracja/Firma/Płace/Typy wypłat). Jeśli dodatek ma być wykazywany na PIT 4, w  polu 'pozycja na deklaracji PIT’  powinna być wybrana pozycja zaczynająca się od PIT-4 lub PIT-8B. Jeśli wybrana jest pozycja np. PIT-11 to podatek będzie wykazywany tylko na PIT-11, nie będzie wykazany na PIT-4.