W przypadku zaczytywania dokumentów do rejestru VAT za pomocą Comarch OCR, kody JPK pobierane są z karty kontrahenta, a od wersji programu 2021.0.1. jeżeli kontrahent będzie miał przypisaną domyślną kategorię – również z kategorii. Jeżeli na skanie faktury widoczne są kody JPK, są one dodawane na dokument w przypadku zaczytywania do Rejestru sprzedaży VAT.