Podczas pracy w trybie samodzielnym, czyli bez połączenia z systemem ERP, sprawozdanie tworzone jest od razu w formie pliku XML we wskazanej przez użytkownika lokalizacji.
W przypadku gdy Aplikacja Comarch E-Sprawozdania jest skonfigurowana do działania z Comarch ERP Optima, to sprawozdanie finansowe zapisywane jest w bazie danych programu Optima. Dostęp do takiego sprawozdania możliwy jest za pośrednictwem aplikacji Comarch e-Sprawozdania.
Od wersji 2019.5 jest możliwość wygenerowania szablonowego arkusza MS Excel z którego zostaną zaimportowane wartości liczbowe.
Aby wygenerować wzorcowy szablon należy po wybraniu ikony importu, kliknąć opcję Utwórz szablon sprawozdania która wygeneruje arkusz Excela.
Po wybraniu przycisku Utwórz szablon sprawozdania należy wskazać lokalizację i nazwę pliku, z którego dane mogą być importowane do e-Sprawozdania.
W wybranej lokalizacji powstaje nowy plik, gdzie na zakładce [Ustawienia] wskazane są podstawowe informacje o podmiocie.
Na liście zestawień widoczne są warianty zestawień, które będą importowane z arkusza. Dane te są pobierane na podstawie ustawień arkusza. Jeśli jakieś zestawienie ma nie być importowane należy wybrać opcję „Brak” w wariancie tego zestawienia.
Szablon zawiera wszystkie obsługiwane typy zestawień. Po wybraniu opcji Przejdź, szablon przekieruje do odpowiedniej zakładki. Niepotrzebne zakładki można ukryć bądź usunąć
Utworzony uprzednio arkusz Excela można zaimportować korzystając z przycisku Import pliku Excel na oknie wyboru źródła importu.
Podczas procesu importu aplikacja sprawdza, czy dane arkusza (numer KRS/NIP i dzień bilansowy) są zgodne z wprowadzeniem do sprawozdania finansowego. Jeśli nie, zostanie wyświetlone odpowiednie ostrzeżenie.
Po weryfikacji następuje przeniesienie wszystkich zadeklarowanych przez użytkownika zestawień z arkusza do e-Sprawozdania.
Od wersji 2020.1 jest możliwość utworzenia sprawozdania na podstawie roku poprzedniego.
Na liście sprawozdań finansowych został dodany nowy przycisk Kontynuuj. Jego uruchomienie utworzy nowe sprawozdanie na podstawie aktualnie zaznaczonej pozycji.
Do nowego sprawozdania przeniesione zostaną m. in.: dane z części Ogólne, Wprowadzenie, układ wszystkich zestawień księgowych, wartości liczbowe z roku bieżącego zostają przeniesione do okresu porównawczego, opisy wszystkich not objaśniających do sprawozdania finansowego, lista osób, które powinny złożyć swój podpis pod sprawozdaniem.
Tak, podatnicy PIT mają możliwość utworzenia e-Sprawozdania Finansowego w aplikacji Comarch e-Sprawozdania. W takim wypadku podczas tworzenia sprawozdania należy uzupełnić jedynie numer NIP.
Informacja dodatkowa jest mocno powiązana ze specyfiką jednostki i bardzo trudno byłoby ją ustrukturyzować. Aby niepotrzebnie nie ograniczać jednostek Ministerstwo wprowadziło tutaj tylko kilka wymogów:
Informację dodatkową należy dodać w zakładce Pozostałe noty i objaśnienia.
Aby sprawdzić, czy w pliku nie został popełniony błąd, który uniemożliwiałby złożenie sprawozdania w KRS należy wykorzystać przycisk 
Zapisz i waliduj ze schemą MF.
Tak, datę sporządzenia sprawozdania można określić w aplikacji Comarch e-Sprawozdania, podczas tworzenia sprawozdania, w polu Data sporządzenia.
Data generacji pliku XML może być zatem późniejsza niż data sporządzenia sprawozdania.