Obligatoryjność przesyłania Jednolitego Pliku Kontrolnego uzależniona została zarówno od struktury pliku, jak i wielkości podmiotu gospodarczego zobowiązanego do jego przesłania.

Ze względu na wielkość przedsiębiorstwa zostały podzielone na: 

Od stycznia 2017 roku każda mała, średnia i duża firma ma obowiązek comiesięcznego przesyłania struktury JPK_VAT do Ministerstwa Finansów.

Natomiast od stycznia 2018obowiązek składania pliku JPK_VAT mają także mikroprzedsiębiorstwa.

Pozostałe struktury przedstawiane są na żądanie odpowiednich organów, dotyczy to następujących struktur: JPK_KR, JPK_WB, JPK_MAG, JPK_FA, JPK_PKPIR oraz JPK_EWP. W przypadku tych struktur termin wejścia obowiązku składania również uzależniony jest od wielkości przedsiębiorstwa.

Tak. Jeśli za dany okres zaistniała konieczność skorygowania deklaracji VAT-7 to należy również skorygować plik JPK_VAT. Korektę pliku JPK VAT wykonujemy z zakładki JPK/Pliki JPK. Ikoną plusa dodajemy plik JPK_VAT i na oknie Przygotowanie pliku JPK_VAT zaznaczamy parametr Korekta.

Korektę danych kontrahenta w rejestrze VAT można zrobić na dwa sposoby:

1. Jeśli dokument był już uwzględniany w pliku JPK_VAT to w rejestrze VAT wprowadzamy fakturę na minus ze starymi danymi kontrahenta, która wyzeruje poprzednią fakturę i dodajemy nową z poprawnymi danymi kontrahenta. Wówczas w pliku JPK będzie informacja o wyzerowaniu poprzedniej faktury i nowa faktura.
2. Jeśli dokument nie jest zaksięgowany i nie był wcześniej wysyłany do pliku JPK_VAT to można również poprawić dane kontrahenta na fakturze w rejestrze VAT, wówczas w pliku JPK będzie informacja tylko o poprawnym kontrahencie.

Paragony mogą być ewidencjonowane zarówno zbiorczo jak i pojedynczo.

Struktura pliku JPK_VAT(3) dopuszcza obydwa sposoby ewidencjonowania dokumentów fiskalnych. Przy zbiorczym ewidencjonowaniu dokumentów fiskalnych pliku w polu Nazwa kontrahent oraz Adres kontrahenta pojawi się wartość „SPRZEDAŻ PARAGONOWA” W przypadku pojedynczego ewidencjonowania dokumentów fiskalnych wystawionych na kontrahenta „Nieokreślony” w pliku również pojawi się informacja „SPRZEDAŻ PARGONOWA”, jeśli dokument jest wystawiony na inny podmiot dane przepiszą się bezpośrednio z dokumentu.

Podczas wysyłki deklaracji VAT-7 kontrola poprawności podpisu nie jest tak dokładna jak przy wysyłce pliku JPK. Dlatego też zdarza się, że pomimo tego, że udało się wysłać deklarację VAT-7 to przy wysyłce pliku JPK podpis się nie pojawia. W takiej sytuacji jeżeli Użytkownik korzysta z podpisu kwalifikowanego (np. Szafir) wówczas należy zaktualizować ze strony producenta aplikację do obsługi karty kryptograficznej i zrestartować komputer. Warunkiem widoczności certyfikatu jest jego poprawne zainstalowanie w systemie operacyjnym. Certyfikat musi być prawidłowy (zaufany).

W celu weryfikacji poprawności certyfikatu należy uruchomić program certmgr.msc. W grupie certyfikatów osobistych należy sprawdzić, czy jest widoczny certyfikat, który ma być wykorzystany do podpisu. Jeżeli go nie ma w tym miejscu, oznacza to że certyfikat nie został zainstalowany w systemie Windows. Po wyświetleniu szczegółów certyfikatu należy na zakładce [Ogólne] upewnić się czy jest on aktualny oraz czy widoczna jest informacja: Masz klucz prywatny, który odpowiada temu certyfikatowi. Dodatkowo na zakładce [Ścieżka certyfikacji] musi być widoczny stan certyfikatu: Ten certyfikat jest prawidłowy – tak jak na poniższych zrzutach ekranu:

Znajdujący się na dokumentach w Rejestrze VAT parametr JPK_FA nie ma wpływu na to, czy dokument trafi do obowiązkowego, comiesięcznego pliku JPK_VAT.
Do pliku JPK_VAT trafiają wszystkie dokumenty znajdujące się w rejestrach VAT i zakwalifikowane do deklaracji VAT-7.
Parametr JPK_FA dotyczy pliku JPK_FA składanego na żądanie Urzędu Skarbowego. Plik JPK_FA zawiera faktury wystawione w module Handel/Faktury. W związku z tym parametr JPK_FA w rejestrach VAT zaznacza się automatycznie podczas wprowadzania dokumentów bezpośrednio do rejestru sprzedaży VAT z pominięciem modułu Handel. Dzięki temu w pliku JPK_FA składanym na żądanie US pojawi się także dokument niemający swojego odzwierciedlenia w module Handel.
Na dokumentach zakupowych w rejestrze VAT parametr nie jest zaznaczany z automatu z uwagi na komunikat Ministerstwa Finansów mówiący, że podmioty prowadzące księgi podatkowe przy użyciu programów komputerowych nie mają obowiązku przesyłania faktur VAT dokumentujących zakup w plikach JPK_FA.

Należy przenieść Fa z modułu Faktury/ Handel do rejestru VAT oraz z tego poziomu zaznaczyć na niej parametr Rozliczać w deklaracji VAT-7. Dodatkowo należy wprowadzić zapis korygujący na minus na wartość Paragonu, do którego wystawiono Fakturę. Zapis korygujący powinien dotyczyć miesiąca deklaracji, w którym paragon został uwzględniony na VAT-7.