Aby obliczyć nową zaliczkę, należy na liście zaliczek na PIT-36L wcisnąć przycisk Dodaj 
.
Na formularzu zaliczki PIT-36L znajdują się trzy zakładki, a numeracja pól odpowiada tej, która znajduje się na wzorze.
Zakładka 1 – [Sekcja C – F]
Przed wykonaniem obliczenia zaliczki, należy na zakładce 1 uzupełnić informacje, takie jak rok i miesiąc zaliczki, wybór podatnika czy sposób uwzględniania zapisów w buforze.
Zakładka [Sekcja C – F] w części Ogólne zawiera następujące informacje:
Rok i miesiąc, za który zaliczka ma być obliczona
Właściciel – wybór podatnika, dla którego będzie obliczana zaliczka. Wyboru podatnika można dokonać przez wpisanie kodu podatnika lub wybór z listy wspólników. Listę wspólników otwiera się przyciskiem 
.
Kliknięcie w ikonę 
powoduje przeniesienie na formularz danych właściciela za odpowiedni okres.
Uwzględniać zapisy w buforze – włączenie tego parametru spowoduje, że program przy obliczeniach uwzględni zapisy w buforze księgi przychodów i rozchodów.
Zablokuj deklarację przed zmianami – zabezpiecza zaliczkę przed skasowaniem i zmianami.
Obliczona przez, zatwierdzona przez – kod operatora, który dokonał obliczenia i zatwierdzenia (zablokowania) zaliczki oraz daty tych operacji.
Kliknięcie w ikonę 
z poziomu formularza zaliczki na PIT-36L powoduje otwarcie okna Kwot indywidualnych za miesiąc wybrany na zaliczce lub w przypadku zaliczek składanych kwartalnie – ostatni miesiąc danego kwartału. Po kliknięciu w ikonę widoczne są zakładki: PIT-36L oraz Dz. gospodarcza.
Przelicz deklarację – przycisk pozwala na przeliczenie zaliczki na PIT-36L za wybrany miesiąc, zaliczka może zostać przeliczona również za pomocą klawisza <F8>.
Jeżeli w danym miesiącu na formularzu Kwot indywidualnych nie dodano żadnego udziału, ale na ostatni dzień poprzedniego miesiąca udział został uzupełniony to zaliczka na PIT-36L(5) liczona jest w kolejnych miesiącach według udziału z ostatniego dnia poprzedniego miesiąca. Jeżeli na ostatnim zdefiniowanym udziale w danym roku nie określono udziału na ostatni dzień miesiąca to podczas próby przeliczenia zaliczki na PIT-36L(5) pojawia się komunikat o braku udziałów w działalności.
Po przeliczeniu zaliczki na zakładce [Sekcja C – F] wyświetlane są następujące informacje:
- Sekcja C zawiera zestawienie łącznych przychodów i kosztów uzyskania przychodu ze wszystkich pozarolniczych działalności gospodarczych. W tym miejscu program wylicza odpowiednio wartość dochodu lub straty.
- Sekcja D zawiera straty z lat ubiegłych z pozarolniczej działalności gospodarczej oraz składki na ubezpieczenia społeczne i odliczenia na COVID-19.
- podmiotom wykonującym działalność leczniczą, wpisanym do wykazu, o którym mowa w art. 7 specustawy,
- Agencji Rezerw Materiałowych z przeznaczeniem na cele wykonywania zadań ustawowych,
- Centralnej Bazie Rezerw Sanitarno-Przeciwepidemicznych z przeznaczeniem na cele wykonywania jej działalności statutowej.
Wysokość odliczenia jest zależna od daty przekazania darowizny i wynosi:
- do 30.04.2020 r. – 200% wartości darowizny,
- w maju 2020 r. – 150% wartości darowizny,
- od 1.06.2020 do 30.09.2020 r. – 100% wartości darowizn.
Kwotę ulgi na COVID-19 można ująć w kwotach indywidualnych w poz. Darowizny na przeciwdziałanie COVID-19.
- W sekcji E wyliczany jest dochód po odliczeniu strat i składek.
- Sekcja F służy do wyliczenia podstawy podatku. Sekcja F zawiera poz. 28 Postawa opodatkowania oraz 29. Kwoty zwiększające/zmniejszające podstawę opodatkowania o ulgę na złe długi. Istnieje możliwość uzupełnienia ręcznie kwoty w poz. 29 Kwoty zwiększające/zmniejszające podstawę opodatkowania o ulgę na złe długi. Kwota zmniejszenia (na minus) ograniczana jest do wysokości podstawy opodatkowania. Przykładowo, jeżeli Podstawa opodatkowania wynosi 1000, to w poz. Kwoty zwiększające/zmniejszające podstawę opodatkowania o ulgę na złe długi można wpisać kwotę nie mniejszą niż: – 1000. Próba wpisania kwoty: -1500 powoduje ograniczenie do kwoty: -1000. Szczegóły funkcjonalności ulgi na złe długi opisane zostały w artykule Ulga na złe długi w podatku dochodowym
Zakładka 2 – [Sekcje G]
Zakładka 2 pozwala na wyliczenie zaliczki miesięcznej na podatek dochodowy liniowy 19%. W części G uwidoczniona jest również wartość odliczenia z tytułu ubezpieczenia zdrowotnego. Na formularzu nie ma możliwości bezpośredniego wprowadzenia odliczeń – kwoty odliczeń są na deklarację pobierane z kartoteki indywidualnych odliczeń podatnika.
Zakładka 3 – [Dz. gospodarcza]
Na zakładce 3 użytkownik ma możliwość przeglądania przychodów i kosztów uzyskania przychodu dla pozarolniczych działalności gospodarczych, które są wprowadzane na karcie kwot indywidualnych podatnika. Dana działalność pojawia się tyle razy ile różnych udziałów ma wspólnik z odpowiednio wyliczonymi dla danego udziału przychodami i kosztami wraz z informacją, za jaki okres obowiązywał dany udział.
Na oknie z komunikatem dostępny jest link do Generatora mikrorachunku wraz z polem do uzupełnienia numeru Indywidualnego rachunku podatkowego. Po jego uzupełnieniu i zapisaniu zmian za pomocą ikony 
, numer rachunku zostaje zapisany na karcie właściciela. Podany tu numer rachunku umieszczony zostaje na płatności z zaliczki.
Wybór opcji Anuluj zmiany (kliknięcie ikony 
)powoduje zapisanie zaliczki i wygenerowanie płatności bez uzupełnionego numeru rachunku bankowego. Należy uzupełnić go na płatności przed eksportem przelewów do banku bądź wydrukowaniem formularza przelewu.