O sposobie dopełniania urlopu do podstawy zasiłku chorobowego decydują parametry znajdujące się w konfiguracji firmy (System/ Konfiguracja / Firma / Płace / Parametry). Są to parametry pod nagłówkiem ‘W miesiącu wymagającym uzupełnienia podstawy zasiłku chorobowego’ : 

1. wyłącza  się wynagrodzenie  za  miesiące,  w  których pracownik  przepracował mniej  niż połowę obowiązującego go w danym miesiącu czasu pracy,
2. przyjmuje  się,  po  uzupełnieniu, wynagrodzenie  za  miesiące,  w  których  pracownik przepracował co najmniej połowę obowiązującego go w tym miesiącu czasu pracy.

Na  równi z dniami, w których pracownik świadczył pracę, traktuje się dni urlopu wypoczynkowego orazinne dni nieobecności w pracy, za które pracownik zachowuje  prawo do  wynagrodzenia.

W  przypadku, gdy wynagrodzenie  pracownika  składa  się ze składników stałych  i zmiennych, a w miesiącu, który wymaga uzupełnienia pracownik otrzymał także wynagrodzenie za urlop wypoczynkowy, wówczas całość wynagrodzenia, w tym także składniki stałe, należy przy uzupełnianiu potraktować jako składniki zmienne.”

W konfiguracji programu znajduje się parametr 'Składka zdrow. odliczana wyłącznie od podatku z element. stanowiących podst. skł. ZUS’, który wpływa na naliczenie składki zdrowotnej w sytuacji, gdy jest naliczany zasiłek. Gdy parametr jest zaznaczony składka zdrowotna jest ograniczana do wysokości zaliczki podatku naliczonej jedynie od elementów, od których były naliczane składki na ubezpieczenie zdrowotne.

Takie wyliczenie wynika z wyroku Sądu Najwyższego z dnia 2 lutego 2016 r. (sygn. akt: III UZP 18/15).

Przykład:

Pracownik uzyskał wynagrodzenie za pracę w wysokości 953,33 zł oraz zasiłek chorobowy 1136,77 zł.

Przy zaznaczonym parametrze naliczona składka zdrowotna wynosi 53,65 zł ponieważ została ograniczona do wysokości zaliczki podatku naliczonej tylko od elementu ‘Wynagrodzenie zasadnicze’.

Gdy parametr jest odznaczony składka nalicza się bez ograniczenia do wysokości zaliczki naliczonej od oskładkowanego elementu wypłaty.

Przede wszystkim należy sprawdzić jakie informacje zostały wprowadzone na formularzu danych kadrowych pracownika na zakładce 2 Nr ident./podatki. W sekcji ’Koszty i ulga’ powinny być wprowadzone odpowiednie współczynniki kosztów uzyskania i ulgi podatkowej. Jeżeli wprowadzono współczynnik 0, wówczas na formularzu wypłaty pracownika – zakładka ‘Podatki’ w polu koszty uzyskania / ulga podatkowa ‘Należne w miesiącu’ będzie wartość 0. Jeżeli natomiast w wypłacie pracownika koszty uzyskania / ulga podatkowa ‘Należne w miesiącu’ mają stosowną wartość, ale w polu 'Odliczone’ jest wartość 0, wówczas najprawdopodobniej pracownik ma w tym miesiącu deklaracji naliczoną drugą wypłatę, w której koszty uzyskania/ ulga podatkowa zostały już odliczone. Obliczając składki ZUS i zaliczkę na podatek dochodowy uwzględniane są wszystkie wypłaty dokonane w obrębie danego miesiąca deklaracji (podatek i składki są liczone globalnie).

Przy ustalaniu zaliczki na podatek dochodowy od osób fizycznych pracodawca stosuje: 

Takie rozstrzygnięcie wynika z art. 32 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2000 r. nr 14, poz. 176; z późn. zm.).

Pracodawca od łącznej kwoty wypłat dokonanych pracownikowi w danym miesiącu deklaracji obowiązany jest więc obliczyć składki ZUS oraz potrącić zaliczkę na podatek dochodowy stosując pojedyncze koszty uzyskania i pojedynczą kwotę zmniejszającą podatek.

Skoro więc w pierwszej wypłacie pracownika koszty uzyskania / ulga podatkowa zostały już odliczone, nie ma podstaw do odliczenia ich w drugiej wypłacie.

Aby sprawdzić jakie wynagrodzenia w danym miesiącu zostały pracownikowi wypłacone, należy z poziomu formularza danych kadrowych pracownika uruchomić Wydruki płacowe – ‘Karta wynagrodzeń wg deklaracji’, wskazując w parametrach wydruku odpowiedni miesiąc deklaracji. Można to również sprawdzić z poziomu okna Wypłaty pracowników, po zaznaczeniu pracownika wybierając z głównego menu przycisk 'Lista wszystkich wypłat pracownika’.

Najczęściej różnica w wykazanej zaliczce podatku spowodowana jest ustawieniem w konfiguracji  dodatków/umów pozycji na deklaracji PIT (System/Konfiguracja/Firma/Płace/Typy wypłat). Jeśli dodatek ma być wykazywany na PIT 4, w  polu 'pozycja na deklaracji PIT’  powinna być wybrana pozycja zaczynająca się od PIT-4 lub PIT-8B. Jeśli wybrana jest pozycja np. PIT-11 to podatek będzie wykazywany tylko na PIT-11, nie będzie wykazany na PIT-4.

W przypadku wystąpienia w jednym miesiącu nieobecności typu ‘urlop wypoczynkowy’ oraz nieobecności typu ‘zwolnienie ZUS’ mamy do czynienia z różnymi pomniejszeniami wynagrodzenia zasadniczego. Pomniejszenia z tytułu nieobecności dokonywane są na podstawie przepisów Rozporządzenia Ministra Pracy i Polityki Socjalnej z dnia 29 maja 1996 r. w sprawie sposobu ustalania wynagrodzenia w okresie niewykonywania pracy oraz wynagrodzenia stanowiącego podstawę obliczania odszkodowań, odpraw, dodatków wyrównawczych do wynagrodzenia oraz innych należności przewidzianych w Kodeksie Pracy (Dz. U. nr 62 z 1996 r., poz. 289).

W przypadku wykonywania pracy w warunkach szczególnych lub o szczególnym charakterze tylko przez część miesiąca podstawa składki na FEP jest naliczana proporcjonalnie do liczby dni kalendarzowych, w których istniał obowiązek naliczania obciążeń na FEP za pracownika.  Do wyliczania liczby dni wykonywania pracy w warunkach szczególnych lub o szczególnym charakterze brane są pod uwagę daty od – do ustawione na formularzu danych kadrowych pracownika na zakładce 5. Ubezpieczenie cd w polu Kod FEP. Ustalona liczba dni ograniczona jest do okresu obowiązywania zapisu historycznego w którym wprowadzony jest kod FEP oraz okresu zatrudnienia (jeśli z zapisu historycznego wynika, że pracownik rozpoczął/zakończył zatrudnienie w tym miesiącu). Podstawa wymiaru składki na FEP ustalana jest proporcjonalnie również w stosunku do okresu wykonywania pracy w szczególnych warunkach lub o szczególnym charakterze w odniesieniu do wypłacanych składników wynagrodzenia przysługujących za okres dłuższy niż miesiąc. Jeśli pracownik w wypłacie ma naliczone elementy za różne okresy (za różne miesiące w przypadku elementów wypłacanych za okres miesiąca lub za różne okresy, w przypadku dodatków okresowych) podstawa FEP zostanie ustalona oddzielnie dla każdego okresu. Jeśli pracownik był zatrudniony tylko przez część miesiąca podczas wyliczania podstawy FEP podstawa składki emerytalnej będzie dzielona przez liczbę dni kalendarzowych zawężoną do okresu zatrudnienia. Podczas wyliczania podstawy FEP podstawa składki emerytalnej z wszystkich elementów wynagrodzenia naliczonych w wypłacie za dany okres (za dany miesiąc lub za okres dla elementów okresowych) będzie dzielona przez liczbę dni kalendarzowych w okresie, za który przysługują elementy i mnożona przez liczbę dni wykonywania pracy w warunkach szczególnych lub o szczególnym charakterze ustaloną na podstawie danych u pracownika.

Deklarację należy złożyć, jeśli pracodawca wyraził chęć skrócenia okresu przechowywania dokumentacji pracowniczej dla pracowników składając oświadczenie ZUS OSW. Okres przechowywania dokumentacji można skrócić dla pracowników, którzy zostali zgłoszeni do ubezpieczeń społecznych po raz pierwszy w okresie od 1.01.1999 do 31.12.2018 roku i z którymi została rozwiązania umowa o pracę/umowa cywilnoprawna. Deklarację ZUS RIA można utworzyć pojedynczo dla wskazanego pracownika lub seryjnie dla zaznaczonych pracowników z poziomu Deklaracje zgłoszeniowe ZUS bądź Deklaracje seryjne ZUS. Jeśli pracownik nie spełnia tych warunków podczas naliczania deklaracji pojawi się odpowiedni komunikat. Deklarację można zapisać do pliku xml i zaimportować do programu Płatnik. W przypadku pracowników wieloetatowych naliczenie deklaracji ZUS RIA należy wykonać z poziomu etatu głównego.

W deklaracji wykazywane są następujące dane:
• dane identyfikacyjne pracownika,
• informacja o rozwiązaniu ostatniego stosunku pracy – data zwolnienia pobrana z zakładki 3.Etat oraz dane dotyczące trybu rozwiązania/wygaśnięcia stosunku pracy z zakładki 4.Ubezpieczenie(etat),
• kwota przychodu należnego za inny rok kalendarzowy niż rok, w którym został wypłacony, a przychód ten stanowił podstawę wymiaru składek na ubezpieczenia emerytalne i rentowe – za okres od 1.01.1999 r. do 31.12.2018 r.,
• kwota przychodu należnego za inny rok kalendarzowy niż rok, w którym został wypłacony, a przychód ten stanowił podstawę wymiaru składek na ubezpieczenie wypadkowe – za okres od 1.01.1999 r. do 31.12.2018 r.,
• kwota przychodu, za lata kalendarzowe, wypłaconego obok wynagrodzenia za czas niezdolności do pracy, zasiłku chorobowego, macierzyńskiego, opiekuńczego, świadczenia rehabilitacyjnego, który w okresie pobierania tego wynagrodzenia lub zasiłku nie stanowił podstawy wymiaru składek na ubezpieczenia emerytalne i rentowe – za okres od 1.01.1999 r. do 31.12.2018 r. – kwota elementów, które mają zaznaczony parametr Wykaż na ZUS RPA/RIA jako element wypłacany obok zasiłków i które nie stanowią podstawy wymiaru składek na ubezpieczenia emerytalne oraz rentowe,
• informacja o okresach wykonywania pracy nauczycielskiej w placówkach, o których mowa w art. 2 pkt 1 ustawy z dnia 22 maja 2009 r. o nauczycielskich świadczeniach kompensacyjnych od 01.01.1999 r. do 31.12.2018r. – okres pracy nauczycielskiej wykazany ustalany jest na podstawie ustawienia parametru Nauczyciel w zapisach historycznych pracownika obowiązujących w okresie 1.01.1999 – 31.12.2018 oraz nieobecności pracownika. Do okresów pracy nauczycielskiej zaliczany jest urlop wypoczynkowy oraz inne nieobecności, które mają zaznaczony parametr Okres nieobecności zaliczany do pracy nauczycielskiej.
• informacja o okresie wykonywania pracy w szczególnych warunkach lub o szczególnym charakterze, o której mowa w art. 3 ust. 1 i 3 ustawy z dnia 19 grudnia 2008 r. o emeryturach pomostowych (DZ. U. z 2018 r. poz. 1924) od 1.01.1999 r. do 31.12.2008 r. – okres wykonywania pracy w szczególnych warunkach lub o szczególnym charakterze ustalany jest na podstawie ustawienia pola Kod FEP w zapisach historycznych pracownika obowiązujących w okresie 1.01.1999 – 31.12.2008 oraz nieobecności pracownika.