W celu poprawnego wykazywania dokumentów VAT marża, faktura sprzedaży w tej procedurze musi mieć uzupełniony kod MR_UZ lub MR_T. Kwoty w stawce NP, pojawią się w pliku w polu SprzedazVAT_Marza. Rozliczenie marży jednostkowej, czyli wygenerowany w programie powiązany dokument wewnętrzny nie powinien mieć oznaczenia WEW. Jeśli natomiast wprowadzane jest zbiorcze rozliczenie marży jako zbiorczy dokument wewnętrzny, wówczas taki dokument powinien już posiadać kod WEW.

Dokument zakupu związany ze sprzedażą opodatkowaną na zasadach marży powinien zostać wprowadzony do Rejestru VAT zakupu ze znacznikiem technicznym ZakupVAT_Marza. Powinien mieć zaznaczony parametr Rozliczać w VAT i wskazany odpowiedni okres, jak również pozycję ze stawką NP z uzupełnioną kwotą brutto dotyczącą zakupu w tej procedurze. Wówczas w pliku JPK_V7 taki dokument wykazywany jest w części ewidencyjnej po stronie zakupu. Znajdują się na nim dane kontrahenta z dokumentu, wraz z jego numerem NIP, numer dokumentu oraz kwota brutto oznaczona jako ZakupVAT_Marza. Taki dokument nie jest uwzględniany przy wyliczaniu kwot na części deklaracyjnej pliku JPK_V7.