Obligatoryjność przesyłania Jednolitego Pliku Kontrolnego uzależniona została zarówno od struktury pliku, jak i wielkości podmiotu gospodarczego zobowiązanego do jego przesłania.
Ze względu na wielkość przedsiębiorstwa zostały podzielone na:
- duże podmioty,
- małe i średnie firmy,
- mikro przedsiębiorstwa.
Od stycznia 2017 roku każda mała, średnia i duża firma ma obowiązek comiesięcznego przesyłania struktury JPK_VAT do Ministerstwa Finansów.
Natomiast od stycznia 2018obowiązek składania pliku JPK_VAT mają także mikroprzedsiębiorstwa.
Od 1 października 2020 roku Ministerstwo Finansów wprowadziło nowy rodzaj pliku JPK. Są to pliki JPK_V7M dla rozliczeń miesięcznych oraz JPK_V7K dla rozliczeń kwartalnych. Obowiązek składania plików JPK_V7 dotyczy wszystkich podatników VAT, bez względu na ich wielkość. Inaczej niż w przypadku plików JPK_VAT, podatnicy rozliczający się stawką zryczałtowaną 4%, np. taksówkarze, nie muszą składać plików JPK_V7.
Pozostałe struktury przedstawiane są na żądanie odpowiednich organów, dotyczy to następujących struktur: JPK_KR, JPK_WB, JPK_MAG, JPK_FA, JPK_PKPIR oraz JPK_EWP. W przypadku tych struktur termin wejścia obowiązku składania również uzależniony jest od wielkości przedsiębiorstwa.