Noty do sprawozdania finansowego (oprócz kalkulacji podatku dochodowego) są tworzone niezależnie od aplikacji Comarch e-Sprawozdania (zgodnie z dotychczasowymi wytycznymi z Ustawy o Rachunkowości). Takie noty następnie mogą być dołączone do e-Sprawozdania Finansowego poprzez dodanie ich w aplikacji Comarch e-Sprawozdania jako załącznik w zakładce Pozostałe noty i objaśnienia, w formacie przewidzianym przez MF, m.in. PDF, Excel, Word. Aplikacja Comarch e-Sprawozdania koduje i zaszywa te pliki w strukturę XML (co pozwala później operować tylko jednym plikiem XML jako całym e-Sprawozdaniem Finansowym).
W następnych wersjach aplikacji planowane jest wprowadzenie możliwości tworzenia not sprawozdawczych z poziomu samej aplikacji Comarch e-Sprawozdania.