Przede wszystkim należy sprawdzić jakie informacje zostały wprowadzone na formularzu danych kadrowych pracownika na zakładce 2 Nr ident./podatki. W sekcji ’Koszty i ulga’ powinny być wprowadzone odpowiednie współczynniki kosztów uzyskania i ulgi podatkowej. Jeżeli wprowadzono współczynnik 0, wówczas na formularzu wypłaty pracownika – zakładka ‘Podatki’ w polu koszty uzyskania / ulga podatkowa ‘Należne w miesiącu’ będzie wartość 0. Jeżeli natomiast w wypłacie pracownika koszty uzyskania / ulga podatkowa ‘Należne w miesiącu’ mają stosowną wartość, ale w polu 'Odliczone’ jest wartość 0, wówczas najprawdopodobniej pracownik ma w tym miesiącu deklaracji naliczoną drugą wypłatę, w której koszty uzyskania/ ulga podatkowa zostały już odliczone. Obliczając składki ZUS i zaliczkę na podatek dochodowy uwzględniane są wszystkie wypłaty dokonane w obrębie danego miesiąca deklaracji (podatek i składki są liczone globalnie).

Przy ustalaniu zaliczki na podatek dochodowy od osób fizycznych pracodawca stosuje: 

Takie rozstrzygnięcie wynika z art. 32 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2000 r. nr 14, poz. 176; z późn. zm.).

Pracodawca od łącznej kwoty wypłat dokonanych pracownikowi w danym miesiącu deklaracji obowiązany jest więc obliczyć składki ZUS oraz potrącić zaliczkę na podatek dochodowy stosując pojedyncze koszty uzyskania i pojedynczą kwotę zmniejszającą podatek.

Skoro więc w pierwszej wypłacie pracownika koszty uzyskania / ulga podatkowa zostały już odliczone, nie ma podstaw do odliczenia ich w drugiej wypłacie.

Aby sprawdzić jakie wynagrodzenia w danym miesiącu zostały pracownikowi wypłacone, należy z poziomu formularza danych kadrowych pracownika uruchomić Wydruki płacowe – ‘Karta wynagrodzeń wg deklaracji’, wskazując w parametrach wydruku odpowiedni miesiąc deklaracji. Można to również sprawdzić z poziomu okna Wypłaty pracowników, po zaznaczeniu pracownika wybierając z głównego menu przycisk 'Lista wszystkich wypłat pracownika’.

Jeżeli pracownik powinien otrzymać pełną kwotę dodatku stażowego, niezależnie od ilości godzin / dni przepracowanych w miesiącu, ale nie powinny być naliczane składki ZUS od kwot należnych za okres zwolnień lekarskich, w programie Comarch ERP Optima należy z poziomu System / Konfiguracja / Firma / Płace / Typy wypłat  zdefiniować dwa typy wypłat: 

W konfiguracji programu znajduje się parametr 'Składka zdrow. odliczana wyłącznie od podatku z element. stanowiących podst. skł. ZUS’, który wpływa na naliczenie składki zdrowotnej w sytuacji, gdy jest naliczany zasiłek. Gdy parametr jest zaznaczony składka zdrowotna jest ograniczana do wysokości zaliczki podatku naliczonej jedynie od elementów, od których były naliczane składki na ubezpieczenie zdrowotne.

Takie wyliczenie wynika z wyroku Sądu Najwyższego z dnia 2 lutego 2016 r. (sygn. akt: III UZP 18/15).

Przykład:

Pracownik uzyskał wynagrodzenie za pracę w wysokości 903 zł oraz zasiłek chorobowy 1454,46 zł.

Przy zaznaczonym parametrze naliczona składka zdrowotna wynosi 46,34 zł ponieważ została ograniczona do wysokości zaliczki podatku naliczonej tylko od elementu ‘Wynagrodzenie zasadnicze’.

Gdy parametr jest odznaczony składka nalicza się bez ograniczenia do wysokości zaliczki naliczonej od oskładkowanego elementu wypłaty.

Ta deklaracja powinna zostać wygenerowana dla pracownika w przypadku:

• wypłacenia w danym miesiącu elementu, należnego za inny rok kalendarzowy niż rok, którego raport dotyczy i który stanowił podstawę wymiaru składek na ubezpieczenia emerytalno-rentowe lub – w razie przekroczenia rocznej podstawy wymiaru tych składek – podstawę wymiaru składek na ubezpieczenie wypadkowe,

• wypłacenia w danym miesiącu obok wynagrodzenia za czas niezdolności do pracy oraz zasiłków elementu, który ma zaznaczony parametr Wykaż na ZUS RPA jako element wypłacany obok zasiłków, nie stanowił podstawy wymiaru składek na ubezpieczenia emerytalne oraz rentowe i jest należny za dany miesiąc albo za inny rok kalendarzowy,
• wykonywania pracy nauczycielskiej (zaznaczony parametr ‘Nauczyciel’ na formularzu pracownika).

Deklaracja jest generowana automatycznie podczas naliczania deklaracji ZUS DRA od wersji 2019.2. Dodatkowo w wersji 2019.3 umożliwiono tworzenie deklaracji ZUS RPA dla nauczycieli.

Najczęściej różnica w wykazanej zaliczce podatku spowodowana jest ustawieniem w konfiguracji  dodatków/umów pozycji na deklaracji PIT (System/Konfiguracja/Firma/Płace/Typy wypłat). Jeśli dodatek ma być wykazywany na PIT 4, w  polu 'pozycja na deklaracji PIT’  powinna być wybrana pozycja zaczynająca się od PIT-4 lub PIT-8B. Jeśli wybrana jest pozycja np. PIT-11 to podatek będzie wykazywany tylko na PIT-11, nie będzie wykazany na PIT-4.

Jeśli pracownik od pierwszego dnia zatrudnienia uzyskuje prawo do zasiłku chorobowego, należy na formularzu danych kadrowych przejść na zakładkę Inne informacje i w sekcji ‘Bilans otwarcia nieobecności ZUS’ uzupełnić dwie pozycje:

Informacje na dzień

Prawo do zasiłku chorobowego od dnia

W obu polach podajemy datę, od której pracownikowi będzie przysługiwał zasiłek/wynagrodzenie za czas choroby – czyli datę zatrudnienia.

Od wersji Comarch ERP Optima 2018.0.1 wprowadzono automatyczne ustawianie parametrów dotyczących naliczania prawa do zasiłku chorobowego bez okresu wyczekiwania. Dla nowo zatrudnionego pracownika, jeśli z odnotowanych w historii zatrudnienia i historii wykształcenia danych wynika, że nie obowiązuje go okres wyczekiwania na zasiłek, bo spełnia co najmniej jeden z poniższych warunków: 

W przypadku wystąpienia w jednym miesiącu nieobecności typu ‘urlop wypoczynkowy’ oraz nieobecności typu ‘zwolnienie ZUS’ mamy do czynienia z różnymi pomniejszeniami wynagrodzenia zasadniczego. Pomniejszenia z tytułu nieobecności dokonywane są na podstawie przepisów Rozporządzenia Ministra Pracy i Polityki Socjalnej z dnia 29 maja 1996 r. w sprawie sposobu ustalania wynagrodzenia w okresie niewykonywania pracy oraz wynagrodzenia stanowiącego podstawę obliczania odszkodowań, odpraw, dodatków wyrównawczych do wynagrodzenia oraz innych należności przewidzianych w Kodeksie Pracy (Dz. U. nr 62 z 1996 r., poz. 289).