Na wydruku Eko oraz wydruku sPrint zatwierdzonej Faktury sprzedaży znajduje się przycisk Zapłać online. Po jego kliknięciu klient zostaje przekierowany do strony, gdzie ma możliwość zapłacenia tej Faktury online. Płatności obsługiwane są przez serwis Blue Media S.A. Informacje o przekazywaniu płatności do Comarch Apfino znajdują się tutaj.
Link do płatności jest generowany automatycznie w momencie zatwierdzenia Faktury sprzedaży. Aby pojawił się on na wydruku Eko Faktury, należy przed zatwierdzeniem faktury: Link do płatności online jest dostępny dla Faktur sprzedaży: Więcej informacji o usłudze Comarch Apfino znajduje się na stronie apfino.pl. Link do płatności online jest standardowo tworzony w momencie zatwierdzania faktury, jeżeli jednak z jakiegoś powodu link nie powstał (np. w momencie zatwierdzania faktury Klient nie posiadał jeszcze konta w Comarch Apfino) to można link wygenerować „na żądanie” dla zaznaczonych faktur. Na liście faktur sprzedaży należy zaznaczyć faktury i wybrać opcję w menu kontekstowym Pobierz link do płatności online. Wówczas dla zaznaczonych faktur zostaną utworzone linki do płatności. Linki zostaną utworzone dla faktur, które nie mają jeszcze linka i spełniają warunki wyżej wymienione.