Znajdujący się na dokumentach w Rejestrze VAT parametr JPK_FA nie ma wpływu na to, czy dokument trafi do obowiązkowego, comiesięcznego pliku JPK_VAT.
Do pliku JPK_VAT trafiają wszystkie dokumenty znajdujące się w rejestrach VAT i zakwalifikowane do deklaracji VAT-7.
Parametr JPK_FA dotyczy pliku JPK_FA składanego na żądanie Urzędu Skarbowego. Plik JPK_FA zawiera faktury wystawione w module Handel/Faktury. W związku z tym parametr JPK_FA w rejestrach VAT zaznacza się automatycznie podczas wprowadzania dokumentów bezpośrednio do rejestru sprzedaży VAT z pominięciem modułu Handel. Dzięki temu w pliku JPK_FA składanym na żądanie US pojawi się także dokument niemający swojego odzwierciedlenia w module Handel.
Na dokumentach zakupowych w rejestrze VAT parametr nie jest zaznaczany z automatu z uwagi na komunikat Ministerstwa Finansów mówiący, że podmioty prowadzące księgi podatkowe przy użyciu programów komputerowych nie mają obowiązku przesyłania faktur VAT dokumentujących zakup w plikach JPK_FA.

Prawo eksportu posiadają wyłącznie operatorzy, którzy dostali takie uprawnienie od administratora ze względu na to aby zabezpieczyć dane przed niepowołanym wglądem przez nieupoważnione osoby. Operator z uprawnieniami administratora może w Konfiguracji Programu/ Użytkowe/ Operatorzy na karcie danego operatora nadać mu takie prawo zaznaczając parametr Prawo do eksportu plików JPK.

W celu wysłania pliku JPK w ramach testów należy zmienić adres usługi. Zmiany dokonujemy w Konfiguracji programu / Ogólne / e-Deklaracje / JPK w sekcji JPK. W polu adres usługi Web Service JPK wpisujemy: https://test-e-dokumenty.mf.gov.pl/

Od 01.01.2018 obowiązek składania plików JPK_VAT dotyczy wszystkich podmiotów gospodarczych.

Plik JPK_VAT należy wysyłać co miesiąc, niezależnie od tego, czy podatnik rozlicza się z VAT-u miesięcznie, czy kwartalnie (metoda kasowa). Plik JPK_VAT należy wysłać również zawsze wtedy kiedy jest korygowana deklaracja VAT-7 (wysyłamy wtedy plik JPK_VAT korektę).

W przypadku pliku JPK_V7 , który obowiązuje od 1 października 2020 roku wyróżniamy: plik JPK_V7M dla rozliczeń miesięcznych oraz plik JPK_V7K dla rozliczeń kwartalnych. W przypadku podatników rozliczających podatek VAT kwartalnie, za pierwszy i drugi miesiąc kwartału składają tylko część ewidencyjną, a po upływie trzeciego miesiąca – część deklaracyjną rozliczającą podatek VAT za dany kwartał oraz część ewidencyjną za trzeci kwartał.

Schema pliku JPK_PKPIR wymaga, aby uzupełnione były dane: nazwa oraz adres kontrahenta. W przypadku księgowania zbiorczego można uzupełnić w tych polach np. dane swojej firmy lub „zestawienie miesięczne sprzedaży”.

Zmiana wartości w arkuszu programu MS Excel nie zmienia wartości w pliku. Służy on wyłącznie do podglądu zawartości pliku. Zmiany zawsze powinny być wprowadzone bezpośrednio na dokumencie w rejestrze VAT, a sam plik JPK_VAT po wprowadzeniu zmian ponownie wygenerowany.

Dokument nie posiadający żadnej pozycji nie powoduje żadnych konsekwencji podatkowych, kwota z takiego dokumentu nie zostaje uwzględniona na deklaracji VAT-7, a co za tym idzie nie ma konieczności wykazywania go w JPK_VAT.
Wyjątek stanowią tu dokumenty techniczne wprowadzane do rejestru VAT na potrzeby udokumentowania ręcznie wprowadzonych zmian na deklaracji VAT-7. Wyjątkiem są również dokumenty korygujące stawkę VAT, na którym kwota brutto wynosi 0, one również zostaną uwzględnione w pliku JPK_VAT.

Paragony mogą być ewidencjonowane zarówno zbiorczo jak i pojedynczo.

Struktura pliku JPK_VAT(3) dopuszcza obydwa sposoby ewidencjonowania dokumentów fiskalnych. Przy zbiorczym ewidencjonowaniu dokumentów fiskalnych pliku w polu Nazwa kontrahent oraz Adres kontrahenta pojawi się wartość „SPRZEDAŻ PARAGONOWA” W przypadku pojedynczego ewidencjonowania dokumentów fiskalnych wystawionych na kontrahenta „Nieokreślony” w pliku również pojawi się informacja „SPRZEDAŻ PARGONOWA”, jeśli dokument jest wystawiony na inny podmiot dane przepiszą się bezpośrednio z dokumentu.

W przypadku plików JPK_VAT(3): 

Po prawidłowym wygenerowaniu pliku JPK_VAT, kliknij w „Wyślij podpisem zaufanym”.

Krok 1 – Kliknij w Skopiuj link do schowka

Po skopiowaniu należy kliknąć w przycisk ‘Kliknij tutaj, aby przejść do strony logowania’.

Krok 2 – Otworzy się link: https://obywatel.gov.pl/podatki/podpisz-jpk_vat-profilem-zaufanym. Jeśli nie widzisz takiego okienka, to kliknij w link www.epuap.gov.pl/wps/portal. Na tej stronie w górnej części ekranu widoczny będzie tekst: „Masz firmę? Podpisz JPK_VAT podpisem zaufanym.” Wybierz: Podpisz Podpisem Zaufanym.

W przypadku otwarcia strony obywatel.gov.pl, kliknij w „Podpisz JPK_VAT”.

Następnie kliknij w „Wybierz plik z dysku”

To co skopiowałeś w Kroku 1 wklej w polu „Nazwa pliku” (np. CTRL + V).

Po prawidłowym wczytaniu pliku JPK_VAT, kliknij w „Podpisz podpisem zaufanym”.

Pojawi się strona do logowania do profilu zaufanego. Należy zalogować się za pomocą nazwy użytkownika lub adresu e-mail i hasła lub wykorzystując odpowiedni bank.

W sytuacji, gdy Profil Zaufany zakładany był za pomocą aplikacji bankowej, proces podpisywania pliku wygląda nieco inaczej. Użytkownik po wyborze opcji Podpisz podpisem zaufanym zobaczy swoje dane i ponownie wybiera Podpisz podpisem zaufanym.

Po tej operacji pojawi się okno potwierdzenia podpisania profilem zaufanym.

Po potwierdzeniu pojawi się informacja: ‘Twój dokument został poprawnie podpisany’. Po wykonaniu tych czynności za pomocą opcji „Zapisz” należy zapisać plik JPK_VAT na dysk.

Krok 3 – Kliknij Wybierz podpisany plik JPK.

Wybierz podpisany plik, który wcześniej zapisałeś.

Pojawi się komunikat: „Czy chcesz teraz wysłać podpisany plik?”

Wybór opcji „Tak” powoduje wysłanie pliku JPK, który otrzyma na liście status: Wysłano/Nie odebrano UPO.

Wybór opcji „Nie” powoduje, że plik na liście otrzyma status Podpisany podpisem zaufanym/Nie wysłano, może on zostać wysłany później.

Pobranie UPO zarówno dla plików podpisanych podpisem kwalifikowanym/niekwalifikowanym/zaufanym odbywa się po naciśnięciu ikony , która znajduje się na liście plików JPK.