Najczęściej różnica w wykazanej zaliczce podatku spowodowana jest ustawieniem w konfiguracji  dodatków/umów pozycji na deklaracji PIT (Start / Konfiguracja / Firma / Płace / Typy wypłat). Jeśli dodatek ma być wykazywany na PIT 4, w  polu Pozycja na deklaracji PIT  powinna być wybrana pozycja zaczynająca się od PIT-4 lub PIT-8B. Jeśli wybrana jest pozycja np. PIT-11 to podatek będzie wykazywany tylko na PIT-11, nie będzie wykazany na PIT-4.