Aby możliwe było sporządzanie deklaracji VAT‑9M w Konfiguracji firmy/ Dane firmy/Deklaracje i pełnomocnictwa należy wskazać, że podatnik składa deklarację VAT‑9M. Urząd skarbowy oraz dane adresowe są pobierane z Konfiguracji firmy/ Dane firmy/Deklaracje i pełnomocnictwa oraz Konfiguracji firmy/ Dane firmy/ VAT-7, AKC-WW, CUK. Lista deklaracji VAT‑9M jest dostępna z poziomu menu Rejestry VAT/ Deklaracje VAT-9M. Deklaracja jest przeliczana po użyciu ikony pioruna lub użyciu klawisza <F8>. Po przeliczeniu deklaracja jest wypełniana danymi pobranymi z konfiguracji oraz z dokumentów w Rejestrach VAT.
Klasyfikacja sprzedaży na deklaracji VAT-9M wg wzoru 10:
| Poz. na VAT-9M | Stawka VAT | Rodzaj faktury | Rodzaj sprzedaży | Rodzaj transakcji |
|---|---|---|---|---|
| 10, 11 | wszystkie | Dowód wewnętrzny | Usługi | Eksport, Eksport – zwrot |
| 12, 13 | wszystkie | Dowód wewnętrzny | Usługi | Wewnątrzunijna Wewnątrzunijna trójstronna |
| 14, 15 | wszystkie | Dowód wewnętrzny | Towary, Śr. transportu | Wewnątrzunijny – podatnikiem jest nabywca Pozaunijny – podatnikiem jest nabywca |
| 16, 17 | wszystkie | Dowód wewnętrzny | Usługi | Krajowa – podatnikiem jest nabywca |
Jeśli zostaną dla danego formularza wybrane inne zakresy dat niż te, za które obowiązuje to pojawia się ostrzeżenie uniemożliwiające przeliczenie deklaracji.
Do sekcji D. Oświadczenie podatnika są przenoszone dane z Konfiguracji firmy/ Dane firmy/ VAT, AKC-WW, CUK z możliwością edycji lub ręcznego uzupełnienia tych danych na formularzu deklaracji VAT-9M. Jako data wypełnienia jest podstawiana data bieżąca. Jeżeli na deklaracji VAT‑9M zostanie wyliczony podatek do zapłaty do Urzędu Skarbowego, to po zapisaniu deklaracji w preliminarzu płatności jest tworzona płatność rozchodowa na kwotę takiego podatku z terminem płatności 25. następnego miesiąca, za który składana jest deklaracja.
Na oknie z komunikatem dostępny jest link do Generatora mikrorachunku wraz z polem do uzupełnienia numeru Indywidualnego rachunku podatkowego. Po jego uzupełnieniu i zapisaniu zmian za pomocą ikony 
, numer rachunku zostaje zapisany w Konfiguracji Firmy/ Dane firmy/ Deklaracje i pełnomocnictwa. Podany tu numer rachunku umieszczony zostaje na płatności z deklaracji.
Wybór opcji Anuluj zmiany (kliknięcie ikony 
)powoduje zapisanie deklaracji i wygenerowanie płatności bez uzupełnionego numeru rachunku bankowego. Należy uzupełnić go na płatności przed eksportem przelewów do banku bądź wydrukowaniem formularza przelewu.
Deklarację zatwierdzoną Operator może zaksięgować do pełnej księgowości za pomocą schematu księgowego lub poprzez predekretację. Do zatwierdzonej deklaracji VAT-9M Operator może sporządzić korektę deklaracji wraz z załącznikiem ORD‑ZU.
Przycisk służący do wysyłki do systemu e-Deklaracje staje się aktywny po przeliczeniu deklaracji VAT-9M za pomocą przycisku 
. Po naciśnięciu przycisku 
następuje zablokowanie deklaracji i jej wysłanie. Po wysłaniu deklaracji ikona wysyłki zostaje zamieniona na ikonę odbioru UPO 
.
Operator może wysłać, wydrukować formularze VAT‑9M, ORD‑ZU oraz UPO, a także wysłać wydruk do Pulpitu Menadżera.
