Aby do pliku JPK_VAT przeszła tylko ta część z faktury, która ma odliczenia warunkowo, należy podczas generowania pliku JPK_VAT zaznaczyć parametr „współczynnik szacunkowy struktury sprzedaży” i wskazać taką wartość współczynnika jaka wskazywana jest na deklaracji VAT-7.
Adres e-mail podatnika umieszczany w pliku JPK_VAT pobierany jest w pierwszej kolejności z deklaracji VAT-7(19). Jeżeli nie będzie uzupełniony na deklaracji, zostanie pobrany z Konfiguracji Firmy/ Dane firmy/ VAT, AKC-WW,CUK, a jeżeli tam również nie będzie uzupełniony – wówczas z Konfiguracji Firmy/ Dane firmy/ Pieczątka firmy.
Podczas wysyłki deklaracji VAT-7 kontrola poprawności podpisu nie jest tak dokładna jak przy wysyłce pliku JPK. Dlatego też zdarza się, że pomimo tego, że udało się wysłać deklarację VAT-7 to przy wysyłce pliku JPK podpis się nie pojawia. W takiej sytuacji jeżeli Użytkownik korzysta z podpisu kwalifikowanego (np. Szafir) wówczas należy zaktualizować ze strony producenta aplikację do obsługi karty kryptograficznej i zrestartować komputer. Warunkiem widoczności certyfikatu jest jego poprawne zainstalowanie w systemie operacyjnym. Certyfikat musi być prawidłowy (zaufany).
W celu weryfikacji poprawności certyfikatu należy uruchomić program certmgr.msc. W grupie certyfikatów osobistych należy sprawdzić, czy jest widoczny certyfikat, który ma być wykorzystany do podpisu. Jeżeli go nie ma w tym miejscu, oznacza to że certyfikat nie został zainstalowany w systemie Windows. Po wyświetleniu szczegółów certyfikatu należy na zakładce [Ogólne] upewnić się czy jest on aktualny oraz czy widoczna jest informacja: Masz klucz prywatny, który odpowiada temu certyfikatowi. Dodatkowo na zakładce [Ścieżka certyfikacji] musi być widoczny stan certyfikatu: Ten certyfikat jest prawidłowy – tak jak na poniższych zrzutach ekranu:
Korektę danych kontrahenta w rejestrze VAT można zrobić na dwa sposoby:
Struktura generowanego w programie Comarch ERP Optima pliku JPK_VAT jest przygotowana zgodnie z broszurą objaśniającą strukturę pliku JPK_VAT udostępnioną przez Ministerstwo Finansów. Poniżej znajduje się link do tej broszury:
W broszurze zawarta jest informacja, że w pliku JPK_VAT jako datę zakupu przyjmuje się datę wystawienia dowodu zakupu.
Jeżeli paragony zostaną przeniesione zbiorczym zapisem do rejestru VAT, a następnie jeden z paragonów zostanie przekształcony do faktury, to należy przenieść fakturę z modułu Faktury/Handel do rejestru VAT. Faktura przenoszona jest z zaznaczonym parametrem Rozliczać w deklaracji VAT. Dodatkowo w rejestrze VAT sprzedaży tworzony jest w miesiącu wystawienia faktury zapis korekcyjny na kwotę ujemną równą sumie faktury, z datą deklaracji zgodną z datą uwzględnienia paragonu w deklaracji VAT-7. Zapis korekcyjny tworzony jest na kontrahenta !NIEOKREŚLONY! o nazwie Sprzedaż detaliczna, a w polu Dokument widnieje Kor. Detal [Numer korekty] z RRRR-MM-DD.
Uwaga Do pliku JPK_VAT przenoszony jest zbiorczy zapis paragonów, faktura przekształcona z paragonu oraz zapis korekcyjny, każdy z własnym numerem dokumentu.
Znajdujący się na dokumentach w Rejestrze VAT parametr JPK_FA nie ma wpływu na to, czy dokument trafi do obowiązkowego, comiesięcznego pliku JPK_VAT.
Do pliku JPK_VAT trafiają wszystkie dokumenty znajdujące się w rejestrach VAT i zakwalifikowane do deklaracji VAT-7.
Parametr JPK_FA dotyczy pliku JPK_FA składanego na żądanie Urzędu Skarbowego. Plik JPK_FA zawiera faktury wystawione w module Handel/Faktury. W związku z tym parametr JPK_FA w rejestrach VAT zaznacza się automatycznie podczas wprowadzania dokumentów bezpośrednio do rejestru sprzedaży VAT z pominięciem modułu Handel. Dzięki temu w pliku JPK_FA składanym na żądanie US pojawi się także dokument niemający swojego odzwierciedlenia w module Handel.
Na dokumentach zakupowych w rejestrze VAT parametr nie jest zaznaczany z automatu z uwagi na komunikat Ministerstwa Finansów mówiący, że podmioty prowadzące księgi podatkowe przy użyciu programów komputerowych nie mają obowiązku przesyłania faktur VAT dokumentujących zakup w plikach JPK_FA.