Aktualizacja znaczników JPK odbywa się poprzez import danych z arkusza Excel. Najpierw należy wyeksportować plan kont, uzupełnić w arkuszu kolumny: Numer (konta), S_12_1, S_12_2 i S_12_3 zgodnie z wymaganym zakresem ZOiS (Zbiór Oznaczeń i Symboli), a następnie z poziomu Księgowość/Plan kont wybrać opcję Aktualizacja znaczników JPK_KR_PD i wskazać przygotowany plik. Dostępne są opcje: dopisanie nowych oraz dopisanie i aktualizacja istniejących