Ustawienia związane z KSeF należy skonfigurować oddzielnie w każdej bazie firmowej, ponieważ dotyczą one wyłącznie konkretnej bazy i nie są automatycznie przenoszone pomiędzy bazami. W Comarch ERP Optima konfiguracji dokonuje się w menu: Start/ Konfiguracja/ Firma/ Dane firmy/ KSeF. Zaznaczenie parametru Aktywuj wymianę danych z KSeF umożliwia integrację oraz import/eksport dokumentów, pod warunkiem, że dla operatora zostały nadane odpowiednie uprawnienia.