Sposób uwierzytelnienia w KSeF jest konfigurowany za pomocą dostępnej w menu KSeF opcji Zmień sposób uwierzytelniania KSeF:

Opcja Zmień sposób uwierzytelniania KSeF dostępna jest również na wstążce programu po otwarciu listy faktur sprzedaży.

Po kliknięciu na tę opcję pojawia się okno Wybór sposobu uwierzytelniania, na którym operator dokonuje wyboru, czy chce uwierzytelnić się poprzez certyfikat KSeF, podpis kwalifikowany/pieczęć elektroniczną czy przez token:

Powyższe okno pojawia się przy pierwszym logowaniu do KSeF lub po wygaśnięciu ustanowionego połączenia. Wybrany przez operatora sposób uwierzytelniania w KSeF jest zapamiętywany w programie.

Po wyborze opcji Certyfikat KSeF, jeśli nie ma jeszcze zapisanego takiego certyfikatu, pojawi się okno dodawania certyfikatu KSeF dla operatora:

Aby uzyskać certyfikaty dla środowiska demo KSeF należy zalogować się na stronie https://web2tr-ksef.mf.gov.pl/web/login i wygenerować pliki z rozszerzeniem  *.key i *.crt. Nazwy certyfikatów nie powinny zawierać spacji. Należy zapamiętać hasło do certyfikatów.

Poprzez opcję  Wybór pliku należy wskazać wygenerowane z Aplikacji Podatnika KSeF pliki *.crt oraz *.key oraz wpisać ustanowione hasło.

Jeżeli parametr Zapamiętaj hasło w Twoim profilu użytkownika Windows nie zostanie zaznaczony, hasło do certyfikatu będzie musiało być podawane przy każdym uwierzytelnieniu z Krajowym Systemem e-Faktur.

Jeżeli wybrana została opcja uwierzytelnienia za pomocą certyfikatu KSeF, ale połączenie wygasło, przy próbie połączenia z KSeF pojawi się prośba o podanie hasła do certyfikatu:

Jeżeli na oknie wyboru sposobu uwierzytelniania zostanie wybrana opcja Podpis kwalifikowany / Pieczęć elektroniczna i wcześniej nie był wybrany żaden podpis/pieczęć, pojawi się okno z listą certyfikatów dostępnych w systemie Windows:

Należy wskazać na tym oknie odpowiedni certyfikat i podać jego PIN. Certyfikat zostanie zapamiętany.

W przypadku wygaśnięcia połączenia z KSeF korzystającego z tego typu uwierzytelnienia, pojawi się prośba o ponowne podanie PINu do podpisu/pieczęci.

W przypadku wybrania opcji uwierzytelniania za pomocą tokenu należy wygenerować go w Aplikacji Podatnika KSeF, skopiować i wkleić do Comarch ERP Optima. Po wklejeniu tokenu zostanie on zapisany w firmowej bazie danych dla określonego operatora. W tokenie są zakodowane informacje jakiej firmy on dotyczy i jakie uprawnienia ma w niej nadane. Jeśli połączenie z KSeF wygaśnie, po pojawieniu się okna z wyborem sposobu uwierzytelnienia, ostatni wykorzystywany w tej bazie przez określonego operatora token będzie już uzupełniony.

Po uwierzytelnieniu się w KSeF program zapisuje połączenie i korzysta z niego aż do jego wygaśnięcia. Jeśli zaistniałaby potrzeba zmiany uwierzytelnienia (np. zmiana certyfikatu z firmowego na osobisty, albo zmiana uwierzytelniania przy użyciu tokenu na inny sposób), operator może od nowa wskazać sposób uwierzytelniania za pomocą funkcji Zmień sposób uwierzytelniania KSeF.