Podczas pobierania faktur sprzedaży z KSeF program automatycznie sprawdza, czy dokument o danym numerze KSeF istnieje już w bazie danych, i wiąże go z dokumentem handlowym. Taki dokument na liście faktur z KSeF otrzymuje status FS, wskazujący na powiązanie z fakturą sprzedaży w module Handel. Przeniesienie tak powiązanego dokumentu z listy KSeF do Rejestru VAT jest zablokowane – blokada zapobiega duplikacji płatności w Preliminarzu. Aby przenieść taki dokument do Rejestru VAT, należy wykonać to z poziomu modułu Handel. Jeśli dokumentu nie odnaleziono ani w Rejestrze VAT, ani w module Handel, faktura otrzymuje status Niezakwalifikowany.