Priorytety realizacji dyspozycji definiowane są w aplikacji Comarch WMS Zarządzanie. Możliwe jest utworzenie priorytetu:
- na podstwie priorytetu z systemu ERP współpracującego z aplikacją Comarch WMS (dla Comarch ERP Altum funkcja dostępna jest od jego wersji 2016.0),,
- wewnętrznych priorytetów w aplikacji WMS (niepowiązanych z systemem ERP).
Konfigurowanie priorytetów dyspozycji będzie możliwe po uprzednim zaznaczeniu opcji „Obsługa priorytetów dyspozycji” w menu Ustawienia, kafel Ogólne (Rys. poniżej).
Po zaznaczeniu tej opcji w menu Ustawienia pojawi się dodatkowy kafel – „Konfiguracja priorytetów dyspozycji”, z poziomu którego istnieje możliwość dodawania oraz zmiany konfiguracji priorytetów dyspozycji.
Aby skonfigurować nowy priorytet należy wybrać ikonę plusa 
. Na dostępnej formatce (Rys. poniżej) należy obowiązkowo wprowadzić nazwę priorytetu, jego wartość. Można również określić czy dany priorytet powiązany jest z priorytetem systemu ERP, wybrać odpowiedni dla priorytetu kolor, zaznaczyć priorytet jako domyślny oraz aktywować/dezaktywować priorytet.
Nadawanie lub zmiana priorytetu dyspozycji możliwa jest z poziomu aplikacji Comarch WMS Zarządzanie, na liście dyspozycji przełączonej w tryb przypisywania priorytetu opcją: 
. Przypisanie priorytetu do dyspozycji odbywa się analogicznie, jak przypisanie operatora: poprzez przeciąganie kafli odpowiednich dyspozycji i priorytetu. Priorytety realizacji dyspozycji zostały dodatkowo uwzględnione w filtrach i opcjach sortowania listy dyspozycji – zarówno w aplikacji Comarch WMS Zarządzanie, jak i w Comarch WMS Magazynier: tak aby magazynier realizujący kolejne dyspozycje na górze listy miał dyspozycje, które są najbardziej pilne.
Priorytety mogą być nadawane dyspozycjom już na poziomie systemu ERP, na nagłówku tworzonej dyspozycji (Rys. poniżej). Jeżeli zajdzie taka potrzeba, taki priorytet można potem zmienić w aplikacji Comarch WMS. Priorytety można zmieniać również dla dyspozycji będącej w trakcie realizacji – przykładowo zwiększyć priorytet, gdy część jej pozycji nie została jeszcze zrealizowana, a zbliża się jej ostateczny termin realizacji.
