Menu „Ustawienia” zostało podzielone na następujące elementy:

• Ogólne – globalne ustawienia aplikacji Comarch WMS Zarządzanie oraz Comarch WMS Magazynier. Pozwala na włączanie oraz wyłączanie opcjonalnych modułów aplikacji oraz definiowanie ustawień obowiązujących dla wszystkich operatorów.
• Konfiguracja wydruków – pozwala na zarządzanie drukarkami oraz etykietami. Opcja widoczna dopiero po włączaniu obsługi wydruków etykiet w opcjach ogólnych.
• Uprawnienia operatorów – daje możliwość przypisania operatorowi roli jak i również umożliwia dostosowanie uprawnień dla pracowników.
• Konfiguracja jednostek logistycznych – pozwala na zarządzanie typami jednostek logistycznych. Opcja widoczna dopiero po włączaniu obsługi jednostek logistycznych w opcjach ogólnych.
• Elementy struktury magazynu – umożliwia zarządzanie typami obiektów struktury magazynu używanych do definiowania struktury magazynu.
• Konfiguracja priorytetów dyspozycji – możliwość skonfigurowania priorytetów dyspozycji.
• Konfiguracja spedycji – umożliwia konfigurację obsługi wysyłek kurierskich za pomocą Comarch WMS .
• Procesy – pozwala skonfigurować ustawienia poszczególnych procesów magazynowych (np. przyjęć, wydań, przesunięć).
• Konfiguracja menu głównego WMS Magazynier – pozwala skonfigurować menu główne aplikacji Comarch WMS Magazynier.