Ogólnie pojęta konfiguracja w programie Comarch ERP XL HR obejmuje ustalanie trzech rodzajów parametrów: parametrów programu określanych dla całej aplikacji (niezależnych od aktualnie otwartej bazy danych), parametrów firmy określanych indywidualnie dla każdej bazy danych oraz parametrów stanowiska – określanych dla konkretnego komputera.
Po zainstalowaniu systemu (założeniu nowej bazy) ustawiona jest zawsze domyślna konfiguracja umożliwiająca pracę programu. Przed rozpoczęciem wprowadzania danych należy ją jednak skontrolować i w razie potrzeby zmienić.
Aby uruchomić konfigurację należy wybrać z menu Start /Konfiguracja lub wcisnąć przycisk Konfiguracja na Pasku skrótów Comarch ERP XL HR. Wyświetlone zostanie okno konfiguracji, podzielone na 2 części (panele). W części lewej ułożone są trzy główne grupy konfiguracyjne: Firma, Program, Stanowisko.
Elementy konfiguracji w tym oknie ułożone są w tzw. strukturę drzewa. W strukturze tej główne grupy konfiguracyjne rozwijają się w podgrupy (gałęzie), które z kolei mogą posiadać kolejne rozgałęzienia (lista podgrup dostępna jest na dwa sposoby: dwukrotne kliknięcie na pozycji w prawym oknie lub kliknięcie przycisku 
widocznego obok nazwy grupy. Po rozwinięciu przycisk zmienia się na 
). Na najniższym poziomie rozgałęzienia znajdują się właściwe parametry konfiguracyjne, które są wyświetlane w prawym panelu okna konfiguracji.
Konfigurację można zamknąć wciskając przycisk 
lub 
(w górnej części okna).
Podczas ustalania parametrów dodatkowo można wykorzystać przyciski:
Przywróć poprzedni stan – w przypadku zmiany ustawień parametrów wciśnięcie przycisku powoduje przywrócenie ustawień poprzednich (po ostatnim zapisie).
Zapisz wprowadzone zmiany – zapisuje nowe ustawienia parametrów.
W celu łatwiejszego poruszania się w obrębie konfiguracji, w górnej części okna Konfiguracja zostały wprowadzone dodatkowe elementy nawigacyjne. Wciśnięcie klawisza 
powoduje przejście z gałęzi aktualnie podświetlonej do gałęzi nadrzędnej w ramach tej samej grupy. Użycie klawisza 
powoduje otwarcie aktualnie podświetlonego elementu konfiguracji. Klawisz ten jest nieaktywny, jeśli podświetlony jest najniżej położony w strukturze drzewa element konfiguracji.
Dodatkowym elementem ułatwiającym konfigurację programu Comarch ERP XL HR jest możliwość użycia schematów konfiguracyjnych. Schematy pozwalają ograniczyć ilość dostępnych parametrów konfiguracyjnych, dzięki czemu konfiguracja staje się bardziej przejrzysta. Wybór jednego z dostępnych schematów następuje po wciśnięciu klawisza 
w górnej części okna konfiguracji. Rozwinięta zostaje wtedy lista, która pokazuje dostępne schematy konfiguracji:
