Aby możliwe było sporządzanie deklaracji VAT‑9M w Konfiguracji firmy/ Dane firmy/ Deklaracje i pełnomocnictwa należy wskazać, że podatnik składa deklarację VAT‑9M. Urząd skarbowy oraz dane adresowe są pobierane z Konfiguracji firmy/ Dane firmy/ Deklaracje i pełnomocnictwa oraz Konfiguracji firmy/ Dane firmy/ VAT-7, AKC-WW, CUK. Lista deklaracji VAT‑9M jest dostępna z poziomu menu Rejestry VAT/ Deklaracje VAT-9M. Po utworzeniu deklaracja jest wypełniana danymi pobranymi z konfiguracji oraz z dokumentów w Rejestrach VAT.
Klasyfikacja sprzedaży na deklaracji VAT-9M wg wzoru 11:
| Poz. na VAT-9M | Stawka VAT | Rodzaj faktury | Rodzaj sprzedaży | Rodzaj transakcji |
|---|---|---|---|---|
| 10, 11 | wszystkie | Dowód wewnętrzny | Usługi | Eksport, Eksport – zwrot |
| 12, 13 | wszystkie | Dowód wewnętrzny | Usługi | Wewnątrzunijna Wewnątrzunijna trójstronna |
| 14, 15 | wszystkie | Dowód wewnętrzny | Towary, Śr. transportu | Wewnątrzunijny – podatnikiem jest nabywca Pozaunijny – podatnikiem jest nabywca |
| 16, 17 | wszystkie | Dowód wewnętrzny | Usługi | Krajowa – podatnikiem jest nabywca |
Formularz VAT-9M(9) obowiązuje za okres do września 2020 roku, formularz VAT-9M(10) służy do rozliczania za okres od października 2020 do lutego 2025 roku. Z kolei formularz deklaracji VAT-9M(11) służy do rozliczania za okres od marca 2025 r.
Jeżeli zostaną dla danego formularza wybrane inne zakresy dat niż te, za które obowiązuje to pojawia się ostrzeżenie uniemożliwiające przeliczenie deklaracji.
Formularz deklaracji VAT-9M(11) otwierany jest w aplikacji Comarch Deklaracje Podatkowe.
Z poziomu otwartego formularza deklaracji VAT-9M pod przyciskiem 
jest dostępny jej wydruk. Podgląd wydruku deklaracji VAT-9M jest dostępny pod przyciskiem 
.
Jako data wypełnienia jest podstawiana data bieżąca. Jeżeli na deklaracji VAT‑9M zostanie wyliczony podatek do zapłaty do Urzędu Skarbowego, to po zapisaniu deklaracji w preliminarzu płatności jest tworzona płatność rozchodowa na kwotę takiego podatku z terminem płatności 25. następnego miesiąca, za który składana jest deklaracja.
Na oknie z komunikatem dostępny jest link do Generatora mikrorachunku wraz z polem do uzupełnienia numeru Indywidualnego rachunku podatkowego. Po jego uzupełnieniu i zapisaniu zmian za pomocą ikony 
, numer rachunku zostaje zapisany w Konfiguracji Firmy/ Dane firmy/ Deklaracje i pełnomocnictwa. Podany tu numer rachunku umieszczony zostaje na płatności z deklaracji.
Wybór opcji Anuluj zmiany (kliknięcie ikony 
)powoduje zapisanie deklaracji i wygenerowanie płatności bez uzupełnionego numeru rachunku bankowego. Należy uzupełnić go na płatności przed eksportem przelewów do banku bądź wydrukowaniem formularza przelewu.
Deklarację zatwierdzoną Operator może zaksięgować do pełnej księgowości za pomocą schematu księgowego lub poprzez predekretację. Do zatwierdzonej deklaracji VAT-9M Operator może sporządzić korektę deklaracji wraz z załącznikiem ORD‑ZU.
Na liście deklaracji VAT-9M Przycisk 
Zmień umożliwia edycję utworzonej wcześniej deklaracji. Podczas edycji deklaracji następuje weryfikacja, czy zmianie uległy dane przeniesione automatycznie na formularz VAT-9M(11).
W przypadku, gdy dane te uległy zmianie pojawia się komunikat: Dane deklaracji zostały zmienione. Czy chcesz zaktualizować deklarację? Zaakceptowanie komunikatu powoduje aktualizację danych na deklaracji VAT-9M. Wybór opcji Nie skutkuje pozostawieniem na formularzu pierwotnie przeniesionych danych.
Po rozwinięciu dodatkowego menu (czarna strzałka obok przycisku ) dostępna jest opcja Podgląd UPO umożliwiająca podgląd Urzędowego Poświadczenia Odbioru.
Wysyłka i odbiór UPO dostępne są z poziomu listy deklaracji VAT-9M.
Przycisk 
Wyślij deklarację do systemu e-Deklaracje umożliwia wysłanie deklaracji VAT-8 do systemu e-Deklaracje za pomocą podpisu kwalifikowanego oraz podpisu niekwalifikowanego. Istnieje możliwość wysyłki zarówno o statusie obliczona, jak i zatwierdzona. Podczas wysyłki deklaracji o statusie obliczona jest ona automatycznie zatwierdzana.
Przycisk 
Odbierz UPO służy do odebrania Urzędowego Poświadczenia Odbioru.