Obsługa konsygnacji przewiduje inwentaryzację zasobów na magazynie konsygnacyjnym własnym. Proces tworzenia dokumentu inwentaryzacji jest identyczny, jak dla magazynów lokalnych. Jedyną różnicą są dokumenty generowane w wyniku zatwierdzenia inwentaryzacji.

Dla magazynu konsygnacyjnego powstaną:

• PZ – jeśli na arkuszach powstała dodatnia różnica w ilości towaru
• WZ – jeśli na arkuszach powstała ujemna różnica w ilości towaru

Pełny opis tworzenia inwentaryzacji w systemie znajduje się w artykule Inwentaryzacja.