W gałęzi Parametry współpracy z Comarch ERP Enterprise wyświetlane są ustawienia dotyczące współpracy z Comarch ERP Enterprise. Parametr wskazujący, że jest włączona współpraca z Comarch ERP Enterprise, a także nazwa serwera i bazy Enterprise, nie są edytowalne z poziomu Comarch ERP Enterprise HR – są ustawiane wyłącznie z poziomu programu Comarch ERP Enterprise. Po zmodyfikowaniu parametrów współpracy z Comarch ERP Enterprise HR w konfiguracji Comarch ERP Enterprise, konieczne jest wykonanie w Comarch ERP Enterprise HR odświeżenia konfiguracji przez wszystkich zalogowanych Operatorów. W tym oknie należy jedynie wskazać Operatora, którego akronim będzie widoczny w zapisach powstałych w Comarch ERP Enterprise HR, w wyniku operacji wykonanych z poziomu programu Comarch ERP Enterprise.

W bazie danych Comarch ERP Enterprise HR zsynchronizowanej z Comarch ERP Enterprise dostępna jest funkcjonalność związana z modułem Płace i Kadry Plus. Nie jest możliwe skonfigurowanie współpracy modułu kadrowo-płacowego równocześnie z Comarch ERP Enterprise, Comarch ERP Altum i Comarch ERP XL. Dla poprawnego działania synchronizowane bazy Comarch ERP Enterprise HR i Comarch ERP Enterprise powinny być umieszczone na dwóch oddzielnych serwerach SQL (dwóch instancjach). Wynika to ze zróżnicowania wspieranych wersji językowych.

Współpraca z systemem Comarch ERP Enterprise polega na synchronizacji danych kadrowych: dodanie, modyfikacja lub usunięcie pracownika w jednej z zsynchronizowanych baz – Comarch ERP Enterprise HR, bądź Comarch ERP Enterprise – powoduje wykonanie analogicznej operacji w drugiej z powiązanych ze sobą baz. W danych kadrowych pracownika zapisywana jest informacja o operatorze dokonującym zapisów z poziomu Comarch ERP Enterprise, wskazanym jako operator dla zapisów z programu Comarch ERP Enterprise w Comarch ERP Enterprise HR. Synchronizacji na tych samych zasadach podlegają atrybuty pracowników, zdefiniowane jako synchronizowane z Comarch ERP Enterprise.