W zakładce „Narzędzia” znajduje się sekcja „Ochrona danych osobowych„, w której dostępne są dwa pola:
- „Ustawienia konfiguracyjne” z linkiem „Ustaw” (zob. Ochrona danych osobowych – ustawienia konfiguracyjne)
- „Dane do anonimizacji” (zob. Ochrona danych osobowych – dane do anonimizacji)
W ramach sekcji administrator może dokonać anonimizacji wybranych pól karty obiegu i wierszy danych tabelarycznych we wskazanych obiegach, np. danych kontrahentów.
Konfiguracja anonimizacji danych odbywa się poprzez wskazanie typu obiegu dokumentów i kontrolek, w których dane zostaną zanonimizowane.
Opis działania pól dostępnych w zakładce „Narzędzia” i funkcjonalności anonimizacji danych dostępny jest w dziale: Ochrona danych osobowych (RODO).
Od wersji 2024.2.0 w przypadku, jeśli administrator dodał w pliku Web.config następujący wpis :
<add key=”UseNewModeOfDocumentPermissions” value=”true” /> lub zmienił wartość w ramach tego klucza na „true” (od wersji 2024.3.0), wówczas w ramach zakładki „Narzędzia” dostępna jest dodatkowa sekcja „Weryfikacja uprawnień na dokumentach” (zob. Nowy mechanizm uprawnień do dokumentów).
Od wersji 2024.3.0 w ramach zakładki „Narzędzia” dostępna jest sekcja „Weryfikacja dwuetapowa podczas logowania”.
W ramach tej sekcji administrator może wymusić stosowanie logowania dwuetapowego przez wszystkich operatorów, którzy korzystają z Comarch DMS. W tym celu Administrator powinien kliknąć w sekcję „Weryfikacja dwuetapowa podczas logowania”, a następnie w znajdujący się w niej link 
[Włącz wymuszenie weryfikacji dwuetapowej].
Po kliknięciu przez administratora w link „Włącz wymuszenie weryfikacji dwuetapowej” weryfikacja dwuetapowa zostanie uruchomiona. Oznacza to, że każdy operator będzie musiał włączyć „Logowanie dwuetapowe” przy następnym logowaniu, jeśli wcześniej nie było aktywne.
Jeśli administrator kliknął w link „Włącz wymuszenie weryfikacji dwuetapowej”, wówczas link zmienia się na „Wyłącz wymuszenie weryfikacji dwuetapowej”.
Aby wyłączyć logowanie dwuetapowe, administrator musi kliknąć w link 
[Wyłącz wymuszenie weryfikacji dwuetapowej]. Wówczas link zmieni się z powrotem na link 
[Włącz wymuszenie weryfikacji dwuetapowej], a korzystanie z logowania dwuetapowego nie będzie obowiązkowe dla operatorów. Każdy operator może wówczas włączyć albo wyłączyć logowanie dwuetapowe z poziomu zakładki 
[Panel użytkownika] w aplikacji desktop lub z poziomu zakładki 
[Ustawienia] w nowej aplikacji web wedle własnego uznania.
