Okno Struktura organizacyjna jest dostępne tylko dla użytkowników z uprawnieniami administratora. Podzielone jest na trzy sekcje:
- drzewo struktury firmy;
- działy, stanowiska i pracownicy;
- właściwości działów, stanowisk i pracowników
W ramach pola „Struktura organizacyjna” w trybie wielofirmowym można dokonać wyboru spółki, w której w danym momencie definiowane będą działy/pracownicy/stanowiska (zob. Struktura organizacyjna w trybie wielofirmowym).
Drzewo struktury firmy
W panelu drzewa struktury firmy znajdują się informacje, które mogą zostać zaimportowane z Comarch ERP XL (Struktura firmy –> Struktura praw).
Istnieje możliwość dodania do struktury nowego działu, stanowiska lub pracownika stworzonego w Comarch DMS. W tym celu należy kliknąć na ikonę 
[Dodaj], zdefiniować nową wartość, a następnie przenieść dział lub pracownika do pierwszej sekcji za pomocą funkcjonalności drag&drop.
Usuwanie danych ze struktury firmy odbywa się za pomocą PPM (prawy przycisk myszy), poprzez kliknięcie na dział lub pracownika do usunięcia.
Odświeżanie listy odbywa się poprzez kliknięcie na zakładkę (menu) struktury organizacyjnej 
. Drzewo struktury organizacyjnej nie prezentuje stanowisk poszczególnych pracowników (widoczne są jedynie skróty nazw stanowisk).
Na drzewie struktury organizacyjnej dostępna jest wyszukiwarka. Lista działów i pracowników jest dynamicznie zawężana do zawierających wpisany tekst. Po wpisaniu wyszukiwanej frazy na drzewie struktury zostaje podświetlony pierwszy wynik wyszukiwania.
Obok pola wyszukiwania udostępniono przycisk odpowiadający za prezentowanie pracowników na strukturze.
Przycisk przyjmuje dwa stany:
(wyłączony) – pracownicy są prezentowani na strukturze
(włączony) – na strukturze wyświetlane są tylko działy
Działy, stanowiska i pracownicy
Sekcja środkowa służy do definiowania:
- nowych działów
- stanowisk w firmie
- pracowników
Aplikacja w szybki i łatwy sposób pozwala z tego poziomu dodać nowy dział, stanowisko w firmie i przypisać pracownika lub stworzyć nowego z unikalnym loginem.
[Importuj] – przycisk umożliwiający import zdefiniowanej struktury organizacyjnej z Comarch ERP XL (zob. Funkcjonalność importu pracowników, działów i struktury organizacyjnej systemu ERP XL),
[Dodaj] – funkcjonalność dodania nowego działu/stanowiska/pracownika (zob. Dodawanie nowego pracownika w Comarch DMS),
[Dodaj] – funkcjonalność dodania nowego pracownika z danego systemu Comarch ERP (zob. Dodawanie nowego pracownika w Comarch DMS),
[Usuń] – umożliwia usunięcie z listy dodanego działu/stanowiska/pracownika
Na listach działów, pracowników i stanowisk dostępna jest wyszukiwarka. Po wpisaniu frazy, lista zostaje zawężona do wyników zawierających tę frazę.
Właściwości działów, stanowisk i pracowników
Sekcja „Działy”, gdzie określane są właściwości działów, została opisana w artykule Działy.
Sekcja „Stanowiska”, gdzie określane są właściwości działów, została opisana w artykułach Stanowisko niepowiązane ze strukturą i Stanowisko powiązane ze strukturą (zob. dla współpracy z Comarch ERP XL: Stanowiska, dla współpracy z Comarch ERP Optima: Stanowiska , dla współpracy z Comarch ERP Enterprise: Stanowiska, dla współpracy z Comarch ERP Altum: Stanowiska, dla Comarch DMS Standalone: Stanowiska)
Sekcja „Pracownik”, gdzie określane są właściwości działów, została opisana w dziale Pracownicy (zob. dla współpracy z Comarch ERP XL: Pracownicy, dla współpracy z Comarch ERP Optima: Pracownicy, dla współpracy z Comarch ERP Enterprise: Pracownicy, dla współpracy z Comarch ERP Altum: Pracownicy , dla Comarch DMS Standalone: Pracownicy)
[Zapisz] 
