W celu naliczenia deklaracji PIT-4R należy przejść do zakładki Deklaracje podatkowe > Deklaracje PIT-4R.
Na liście deklaracji odszukujemy rok, za który będzie naliczana deklaracja.
Naliczenie następuje po kliknięciu wybranego roku na liście lub po wybraniu opcji Utwórz deklarację – dostępnej pod ikoną trzech kropek.

System automatycznie wyliczy wartości na podstawie naliczonych zaliczek miesięcznych na PIT-4R i otworzy gotowy formularz deklaracji rocznej w aplikacji Comarch Deklaracje Podatkowe.
Po zweryfikowaniu kwot zapisujemy deklarację (jej status zmieni się na Naliczona), a w celu jej zatwierdzenia należy wybrać dostępną pod ikoną trzech kropek opcję Zatwierdź.

W celu wysyłki PIT-4R wybieramy opcję Wyślij do urzędu.

Naliczanie, zatwierdzanie i wysyłka deklaracji są dostępne również dla zaznaczonej deklaracji z poziomu panelu podsumowania.

Przed wysłaniem dokument należy podpisać. W zależności od konfiguracji konta może to być podpis kwalifikowany (wymagany dla firm) lub niekwalifikowany (dostępny dla osób fizycznych).
Pobieranie Urzędowego Poświadczenia Odbioru (UPO) zazwyczaj odbywa się automatycznie w tle. Dokument można także pobrać ręcznie, korzystając z opcji Odbierz UPO. Poprawne przetworzenie deklaracji zmienia jej status na ostateczny: Odebrano UPO.