Aplikacja Comarch Mobile umożliwia szyfrowanie bazy danych. Ustawienie szyfrowania sprawdzane jest podczas każdej synchronizacji. Jeżeli szyfrowanie bazy zostało ustawione jako wymagane i aplikacja wykryje, że baza nie jest zaszyfrowana, wówczas na ekranie urządzenia mobilnego zostanie wyświetlony komunikat:
Po wystąpieniu komunikatu należy kliknąć w przycisk [OK] – nastąpi automatyczne zaszyfrowanie bazy danych. Po zakończeniu szyfrowania synchronizacja uruchomi się automatycznie.
Ustawienia szyfrowania są zapisane domyślnie w pliku C:\Program Files (x86)\Comarch Mobile\Serwer synchronizacji\Methods\encryption.configuration. Parametr encrypted może przyjąć odpowiednio wartość 0 – szyfrowanie wyłączone, 1 – szyfrowanie włączone.