W aplikacji Comarch Mobile Zakupy istnieje możliwość rejestracji transakcji z obsługą odwrotnego obciążenia. W przypadku odwrotnego obciążenia odpowiedzialność za rozliczenie podatku od zawartej transakcji może zostać przeniesiona ze sprzedawcy na nabywcę.
Obsługa odwrotnego obciążenia w aplikacji Comarch Mobile Zakupy jest dostępna po odpowiedniej konfiguracji w systemie ERP:
włączeniu odpowiedniego parametru w konfiguracji systemu ERP,
ustawieniu na karcie kontrahenta, że podatnikiem jest nabywca,
zdefiniowaniu stawek VAT dla odwrotnego obciążenia,
oznaczeniu odpowiednich towarów objętych odwrotnym obciążeniem.

Zgodnie z przepisami, na wystawianym dokumencie na rzecz podmiotu prowadzącego działalność gospodarczą nie wykazuje się należnego podatku VAT. Zamiast informacji o wysokości oraz wartości stawek VAT z pozycji prezentowana jest adnotacja o odwrotnym obciążeniu na wydruku dokumentu.