Znajdujący się na dokumentach w Rejestrze VAT parametr JPK_FA nie ma wpływu na to, czy dokument trafi do obowiązkowego, comiesięcznego pliku JPK_VAT.
Do pliku JPK_VAT trafiają wszystkie dokumenty znajdujące się w rejestrach i zakwalifikowane do deklaracji VAT-7.
Parametr JPK_FA dotyczy pliku JPK_FA składanego na żądanie Urzędu Skarbowego. Plik JPK_FA zawiera faktury wystawione w module Handel/Faktury. W związku z tym parametr JPK_FA w rejestrach VAT zaznacza się automatycznie podczas wprowadzania dokumentów bezpośrednio do rejestru sprzedaży VAT z pominięciem modułu Handel. Dzięki temu w pliku JPK_FA składanym na żądanie US pojawi się także dokument niemający swojego odzwierciedlenia w module Handel.
Na dokumentach zakupowych w rejestrze VAT parametr nie jest zaznaczany z automatu z uwagi na komunikat Ministerstwa Finansów mówiący, że podmioty prowadzące księgi podatkowe przy użyciu programów komputerowych nie mają obowiązku przesyłania faktur VAT dokumentujących zakup w plikach JPK_FA.