Aby dodać w programie plik JPK_VAT należy kliknąć na ikonę 
– spowoduje to otwarcie okna Przygotowanie pliku JPK_VAT:
Okno wywoływane jest również z poziomu menu kontekstowego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy i wybraniu opcji Dodaj, jak również przy pomocy skrótu <Insert>.
Okno zawiera parametry dotyczące plików JPK_VAT. W polu Za okres wskazywany jest miesiąc i rok za jaki ma zostać wygenerowany plik JPK_VAT. Pole może zostać rozwinięte celem łatwiejszego wybrania odpowiedniego okresu. Na oknie można zaznaczyć parametr współczynnik szacunkowy struktury sprzedaży i określić jego wartość procentową. Zaznaczenie parametru Korekta powoduje przeniesienie informacji, że generowany plik JPK_VAT jest korektą – pole CelZlozenia w pliku przyjmuje wówczas wartość 2. W przypadku plików JPK_VAT(3) po zaznaczeniu parametru Korekta istnieje możliwość wpisania numeru korekty. Numer korekty jest uzupełniany automatycznie jako numer kolejny, ale może zostać zmodyfikowany przez Użytkownika. W tym polu nie może zostać wpisana wartość mniejsza niż 1. Numer korekty przenoszony jest do pliku JPK_VAT(3). Pod parametrami wyświetlane są podstawowe informacje dotyczące składania pliku JPK_VAT. Istnieje możliwość wysyłania do arkusza kalkulacyjnego danych znajdujących się w generowanych plikach JPK celem łatwiejszego ich przeglądania. Na oknie Przygotowanie pliku JPK_VAT znajduje się parametr Podczas eksportu utwórz również pliki MS Excel. Po wygenerowaniu pliku JPK z zaznaczonym powyższym parametrem, w zależności od ustawienia parametru Otwieranie wyeksportowanych plików w menu Widok, nastąpi otwarcie arkusza zawierającego wyeksportowane dane (opcja Otwieraj) bądź wyświetlone zostanie pytanie czy plik otworzyć (opcja Pytaj). Tworzony plik arkusza kalkulacyjnego zawiera arkusz dotyczący danych podatnika, agregatów oraz danych poszczególnych dokumentów. Po kliknięciu ikony Istnieje możliwość rozwinięcia ikony plusa – pojawi się wówczas możliwość dodania oprócz pliku JPK_VAT również pozostałych plików JPK:
Utwórz plik, na liście plików JPK dodany zostanie plik JPK_VAT za podany okres.
Po wybraniu drugiej opcji Pozostałe pliki JPK otwierane jest okno:
Okno dodania pozostałych plików JPK może zostać wywołane za pomocą skrótu <Shift>+<Insert>.
Na oknie istnieje możliwość wyboru spośród wszystkich pozostałych (oprócz JPK_VAT) 6 grup danych dla plików JPK:
- Księgi Handlowe (z opcją uwzględnienia zapisów w buforze),
- Zapisy KPiR (z opcją uwzględnienia zapisów w buforze),
- Ewidencja ryczałtowa (z opcją uwzględnienia zapisów w buforze),
- Wyciągi bankowe (z opcją bądź „poszczególnymi wyciągami” bądź „za okres”),
- Faktury sprzedaży i zakupu (z możliwością wyboru rodzaju dat na dokumentach dla podanego poniżej zakresu dat),
- Dokumenty magazynowe.
Na oknie Przygotowanie pliku JPK znajdują się pola, w których należy określić zakres dat za jaki zostaną wyeksportowane dane. Domyślnie po otwarciu okna podpowiada się zakres dat dla poprzedniego miesiąca w stosunku do daty bieżącej, chociaż może on zostać zmieniony przez Użytkownika.
Podany zakres dat nie może być szerszy niż jeden rok kalendarzowy dla zapisów KPiR i ewidencji ryczałtowej. W przypadku wyboru zapisów Księgi Handlowej, zakres dat nie może przekraczać jednego okresu obrachunkowego. Dodatkowo do pliku JPK_KR zostaną wyeksportowane tylko zapisy z bieżącego okresu obrachunkowego.
Na oknie należy wskazać urząd skarbowy, do którego JPK ma zostać skierowany. Domyślnie po wejściu na okno przygotowania plików JPK urząd skarbowy pobierany jest z Konfiguracji Firmy/ Dane firmy/ Deklaracje z pola U.S. (VAT). Jeżeli urząd skarbowy dla deklaracji VAT będzie nieuzupełniony, wówczas US zostanie pobrany z pola U.S. (PIT‑4R, CIT-8). W przypadku kiedy w żadnym z tych 2 pól w Konfiguracji nie został wskazany urząd skarbowy, wówczas przy pierwszym otwarciu okna przygotowania plików JPK pole z urzędem skarbowym będzie puste i Użytkownik przed przygotowaniem pliku JPK będzie musiał wybrać odpowiedni US. Wybrany urząd skarbowy zostanie zapamiętany przy kolejnym otwarciu okna. Na karcie wybranego urzędu skarbowego musi być uzupełniony czterocyfrowy kod urzędu. W przeciwnym razie przygotowanie pliku nie będzie możliwe.
Istnieje możliwość wysyłania do arkusza kalkulacyjnego danych znajdujących się w generowanych plikach JPK celem łatwiejszego ich przeglądania. Na oknie Pliki JPK znajduje się parametr Podczas eksportu utwórz również pliki MS Excel. Po wygenerowaniu pliku JPK z zaznaczonym powyższym parametrem, w zależności od ustawienia parametru Otwieranie wyeksportowanych plików w menu Widok, nastąpi otwarcie arkusza zawierającego wyeksportowane dane (opcja Otwieraj) bądź wyświetlone zostanie pytanie czy plik otworzyć (opcja Pytaj). Tworzony plik arkusza kalkulacyjnego zawiera arkusz dotyczący danych podatnika, agregatów oraz danych poszczególnych dokumentów.
Ikona utworzenia pliku JPK staje się aktywna po zaznaczeniu co najmniej jednej grupy danych oraz wskazaniu urzędu skarbowego.
Podczas eksportu danych do pliku (zarówno JPK_VAT jak i pozostałych plików JPK) następuje weryfikacja poprawności wysyłanych danych poprzez porównanie ze wzorcem dokumentu elektronicznego. Generowany plik jest również weryfikowany pod kątem uzupełnienia pól obowiązkowych.
Możliwe jest wyłączenie sprawdzania poprawności generowanych plików JPK poprzez odznaczenie parametru Sprawdzaj poprawność plików JPK przed wysłaniem, znajdującego się w Konfiguracji Programu/ Ogólne/ e‑deklaracje/JPK.
W przypadku braku danych za okres podany podczas eksportu, pliki JPK nie są tworzone a w logu z przebiegu operacji pojawia się stosowny komunikat. Wyjątkiem jest plik JPK_VAT, który jest tworzony nawet jeśli za dany okres nie ma zapisów w rejestrze VAT, a Użytkownik jest zobligowany do złożenia pustej deklaracji VAT-7.
Jeżeli w Konfiguracji Stanowiska/ Ogólne/ Jednolity Plik Kontrolny nie ustawiono katalogu dla plików z danymi, wówczas podczas próby przygotowania pliku JPK pojawia się okno z odpowiednim komunikatem.
Podczas eksportu danych do nagłówka pliku JPK_VAT(3) przenoszone są następujące informacje:
- Zakres dat dla eksportowanych danych
- Dane identyfikacyjne podatnika pobierane z Konfiguracji Firmy/ Dane firmy/ Pieczątka firmy ‑ NIP, Pełna nazwa,
- Adres e-mail podatnika pobierany w pierwszej kolejności z deklaracji VAT-7(18); jeżeli nie jest uzupełniony na deklaracji, zostanie pobrany z Konfiguracji Firmy/ Dane firmy/ VAT, AKC-WW, a jeżeli tam również nie będzie uzupełniony – wówczas z Konfiguracji Firmy/ Dane firmy/ Pieczątka firmy
- Nazwa programu z którego wygenerowano plik JPK_VAT(3) (w pliku widnieje nazwa „Comarch ERP Optima” wraz numerem wersji)
Podczas eksportu danych, do nagłówka pozostałych plików JPK przenoszone są następujące informacje:
- Kod urzędu skarbowego (uzupełniany z poziomu Ogólne/ Inne/ Urzędy)
- Zakres dat dla eksportowanych danych
- Dane identyfikacyjne oraz adres podatnika pobierane z Konfiguracji Firmy/ Dane firmy/ Pieczątka firmy (NIP, Pełna nazwa, REGON, Kod Kraju, Województwo, Powiat, Gmina, Ulica, Nr domu, Nr lokalu, Miejscowość, Kod pocztowy, Poczta)
Dane te są wymagane przez wzór dokumentu elektronicznego i muszą być uzupełnione w programie przed wysyłką plików JPK.