Aby obliczyć nową zaliczkę, należy na liście zaliczek na deklarację PIT-4R wcisnąć przycisk Dodaj 
.
Formularz zaliczki na deklarację PIT-4R składa się z następujących zakładek:
- [Sekcja C] – zakładka zawiera dane ogólne deklaracji oraz część danych zawartych w sekcji C formularza Zaliczki na PIT-4R.
- [Sekcja C, D, E] – zakładka ta odpowiada pozostałej części sekcji C, D oraz sekcji E formularza Zaliczki na PIT‑4R.
Zaliczka na deklarację PIT-4R sekcja C
Przed wykonaniem obliczenia zaliczki, należy na zakładce [Sekcja C] uzupełnić informacje, takie jak rok i miesiąc zaliczki, czy sposób uwzględniania zapisów w buforze.
Zakładka [Sekcja C] w części Ogólne zawiera następujące informacje:
- Rok i miesiąc, za który zaliczka ma być obliczona,
- Zablokuj deklarację przed zmianami – zabezpiecza zaliczkę przed skasowaniem i zmianami,
- Obliczona przez, zatwierdzona przez – kod operatora, który dokonał obliczenia i zatwierdzenia (zablokowania) zaliczki oraz daty tych operacji.
Formularz obsługują standardowe przyciski, opisane szczegółowo w rozdziale Standardy w programie niniejszego podręcznika.
W tym miejscu zostaną opisane tylko przyciski i pola charakterystyczne dla tego formularza.
Przelicz deklarację – przycisk pozwala na przeliczenie zaliczki na deklarację PIT-4R za wybrany miesiąc, deklaracja może zostać przeliczona również za pomocą klawisza <F8>.
Po przeliczeniu deklaracji, na zakładce [Sekcja C] obliczane są rubryki od numeru 19 do 42, związane z wynagrodzeniami ze stosunku pracy, pod warunkiem, ze są one zdefiniowane jako typy wypłat i wykorzystane na listach płac pracowników za dany okres. Pola te są edytowalne, więc można je wypełnić „ręcznie”.
W razie konieczności pozostałe rubryki (od 22 do 42) Użytkownik powinien uzupełnić samodzielnie.
Zaliczka na deklarację PIT-4R sekcja C, D, E
Na zakładce [Sekcja C, D, E] widoczne są wartości związane z obliczeniem pobranego podatku oraz dane związane z uiszczeniem należności. Pola od pozycji 44 do 50 oraz 52, 54, 55, 56 są edytowalne i w razie konieczności powinny zostać uzupełnione przez Użytkownika. Pozostałe pola są wyliczane przez program.
Pole 50 na zaliczce na deklarację PIT-4R pozwala na wprowadzenie wartości kwoty pobranych zaliczek na podatek dochodowy od wypłat należności z tytułu działalności określonej w art. 13 pkt 2 i 5-9 ustawy, z praw autorskich i praw pokrewnych. W programie Comarch ERP Optima pole to jest liczone jako suma wszystkich zaliczek od wynagrodzeń liczonych jako INNE w Ewidencji wynagrodzeń. Pole to jest przeliczane przez program w momencie, gdy pojawił się typ wypłaty umowa zlecenia lub inna.
Pola 51, 53 nie są edytowalne
Na oknie z komunikatem dostępny jest link do Generatora mikrorachunku wraz z polem do uzupełnienia numeru Indywidualnego rachunku podatkowego. Po jego uzupełnieniu i zapisaniu zmian za pomocą ikony 
, numer rachunku zostaje zapisany w Konfiguracji Firmy/ Dane firmy/ Deklaracje. Podany tu numer rachunku umieszczony zostaje na płatności z zaliczki.
Wybór opcji Anuluj zmiany (kliknięcie ikony 
)powoduje zapisanie zaliczki i wygenerowanie płatności bez uzupełnionego numeru rachunku bankowego. Należy uzupełnić go na płatności przed eksportem przelewów do banku bądź wydrukowaniem formularza przelewu.