Po wyborze opcji Konfiguracja z menu System otwarte zostaje okno, w którym ustalamy konfigurację programu oraz stanowiska (opisaną w Konfiguracja programu). Otwarcie konfiguracji jest również możliwe z poziomu okna głównego po wciśnięciu klawiszy <CTRL>+<F9> lub z poziomu paska System w menu Nawigacji Comarch ERP Optima.