Istnieje możliwość łączenia plików JPK_VAT w programie Comarch ERP Optima. Użytkownik może wskazać pliki które mają zostać połączone i na podstawie tych plików zostanie utworzony nowy plik zawierający dane z tych wskazanych plików.
Proces łączenia plików JPK_VAT wygląda następująco: Użytkownik powinien zaznaczyć wybrane przez siebie pliki na liście plików JPK i kliknąć ikonę Scal pliki JPK_VAT 
znajdującej się na wstążce programu. Funkcja może zostać również uruchomiona z poziomu menu kontekstowego po kliknięciu prawym przyciskiem myszy na plikach JPK i wybraniu opcji Scal pliki JPK_VAT. Zarówno ikona jak i funkcja w menu kontekstowym jest aktywna po wyfiltrowaniu plików JPK do typu JPK_VAT(wybór w polu Typ pliku wartości JPK_VAT) i zaznaczeniu co najmniej 2 plików.
Na oknie Łączenie plików JPK_VAT można wskazać czy plik ma być złożony jako korekta (parametr Oznacz plik JPK_VAT jako korektę).
Na oknie dostępny jest parametr Składam plik JPK z dwiema opcjami:
- obowiązkowy (opcja domyślnie zaznaczona),
- na żądanie Urzędu Skarbowego podczas kontroli.
Parametr określa cel złożenia łączonego pliku JPK_VAT.
Generowanie pliku rozpoczynane jest po kliknięciu ikony Wykonaj połączenie 
. Funkcja może zostać również wywołana poprzez naciśnięcie <F8>.
Warunkiem połączenia plików jest to, aby były to pliki JPK_VAT wygenerowane w tym samym wzorcu dokumentu elektronicznego – JPK_VAT(2) lub JPK_VAT(3) i zawierające dokumenty za ten sam zakres dat (z tym samym rokiem i miesiącem rozliczenia w deklaracji VAT).
Dane dotyczące podatnika składającego połączony plik JPK_VAT pobierane są z Pieczątki firmy (Konfiguracja Firmy/ Dane firmy/ Pieczątka firmy). Pozostałe dane zostaną odpowiednio połączone – wszystkie dokumenty sprzedaży ze wszystkich plików zostaną umieszczone w sekcji dotyczącej Rejestrów sprzedaży. Analogicznie dla rejestrów VAT zakupu. Sekcje zawierające zagregowane dane będą zawierały informacje dotyczące wszystkich pozycji z wszystkich plików. Tak więc suma ilości pozycji z wszystkich łączonych plików będzie zgodna z ilością w pliku zbiorczym. Nowy połączony plik zbiorczy otrzymuje nazwę JPK_VAT_SCALONY_PLN_Data_od_Data_do_Data_i_godzina_utworzenia.
Po utworzeniu zbiorczego pliku JPK_VAT, pliki cząstkowe które podlegały połączeniu zmieniają status z Nie wysłano na Nie podlega. Dopiero w przypadku usunięcia pliku zbiorczego takie pliki otrzymają z powrotem status Nie wysłano. Nie ma możliwości wysłania plików, które uległy połączeniu – w takim przypadku należy wysłać plik zbiorczy. Nie jest również możliwe usunięcie pliku cząstkowego – należy w pierwszej kolejności usunąć plik wynikowy.
Nie jest możliwe ponowne połączenie plików, które już zostały poddane łączeniu. Wysłane pliki JPK_VAT również nie podlegają połączeniu – łączenie plików JPK_VAT możliwe jest tylko dla plików o statusie Nie wysłano.
Domyślnie pliki JPK_VAT które zostały połączone są ukrywane, ale można je wywołać na listę plików JPK. Służy temu parametr Pokaż scalone. Pliki cząstkowe, które zostały połączone, wyświetlane są na liście plików w kolorze szarym.
Pełny opis funkcjonalności Jednolitego Pliku Kontrolnego znajduje się w biuletynie OPT079 – Jednolity Plik Kontrolny