Deklaracje INTRASTAT można wyliczyć automatycznie, na podstawie zarejestrowanych w systemie dokumentów, lub informacje o poszczególnych pozycjach uzupełnić ręcznie.
Wyliczanie automatyczne deklaracji
Wyliczenie deklaracji przez program jest możliwe przez wciśnięcie 
przycisku na formularzu deklaracji. Przed wyliczeniem należy wskazać, jakiego typu dokumenty powinny być w niej uwzględnione:
Do deklaracji dotyczącej wywozu kwalifikowane są dokumenty rozchodowe (WZ, FS, RW, MM-LO, WKA), korekty wartości (ceny) do nich, korekty ilościowe na plus oraz zwroty do dokumentów przychodowych (korekty ilościowe na minus).
Do deklaracji dotyczącej przywozu kwalifikowane są dokumenty przychodowe (PZ, FZ, PW, MM-OL, PKA), korekty wartości (ceny) do nich, korekty ilościowe na plus oraz zwroty do dokumentów rozchodowych(korekty ilościowe na minus).
Podczas automatycznego wyliczania deklaracji program pozwala na uwzględnienie tylko dokumentów handlowych (Faktura Zakupu, Faktura Sprzedaży) lub tylko dokumentów magazynowych (Przyjęcie Zewnętrzne, Wydanie Zewnętrzne). Nie jest możliwe równoczesne zaznaczenie pozycji FZ i PZ (na deklaracji przywozowej) lub FS i WZ (na deklaracji wywozowej).
Oznacza to, że na wyliczonej deklaracji program uwzględni tylko dokumenty magazynowe (PZ, WZ) lub tylko handlowe (FS, FZ). Przed wyliczeniem użytkownik powinien zdecydować wg których dokumentów deklaracja będzie liczona:
- jeśli posiada dokumenty PZ/ WZ nie skojarzone z handlowymi – deklaracja powinna być liczona wg dokumentów magazynowych
- jeśli posiada dokumenty FS, FZ nie skojarzone z magazynowymi – deklaracja powinna być liczona wg dokumentów handlowych.
Dokument uwzględniony w Intrastacie otrzymuje znacznik, który powoduje, że po raz drugi nie zostanie on uwzględniony. Jednak znacznik ten nie jest przenoszony na dokumenty skojarzone. Oznacza to, że jeśli deklaracja Intrastat była wyliczana na podstawie dokumentów handlowych (FS, FZ) to na odpowiadających im dokumentach magazynowych (PZ, WZ) nie ma informacji o uwzględnieniu w INTRASTAT.
Podczas automatycznego wyliczania deklaracji program filtruje dokumenty, które powinny być uwzględnione w INTRASTAT, a następnie towary z tych dokumentów grupuje wg przypisanych im kodów CN. Grupowane są pozycje z dokumentów, które mają zgodny
- Kod CN
- Kod kraju pochodzenia
- Kod transakcji
- Kod kraju przeznaczenia/ wysyłki
- Numer identyfikacyjny VAT kontrahenta dla deklaracji wywozowej
- W deklaracji uwzględniane są dokumenty spełniające następujące warunki:
- są wystawione dla kontrahenta wewnątrzunijnego
- mają uzupełnione informacje o kodzie transakcji, kodzie kraju
- Transakcje są uwzględniane w deklaracji za dany miesiąc zgodnie z określoną datą przywozu/ wywozu (zakładka [Dokumenty] na formularzu dokumentu).
- Każdy dokument może być uwzględniony tylko w jednej deklaracji Intrastat.
- W deklaracji Intrastat nie są uwzględniane dokumenty pierwotne, zarejestrowane w systemie.
- W deklaracji przywozowej domyślnie uwzględniane są Korekty Graniczne do Faktur Zakupu wystawione dla kontrahenta wewnątrzunijnego, żeby FZKG nie została uwzględniona, należy przed przeliczeniem deklaracji z jej formularza, z zakładki [Dokumenty] usunąć kod transakcji.
- W deklaracji uwzględniane są towary, które na karcie cennikowej mają uzupełnione informacje o kodzie CN, dodatkowo w przypadku deklaracji przywozowej towary muszą mieć na karcie cennikowej uzupełniony kraj pochodzenia.
Jeśli jakikolwiek towar, występujący na dokumencie, nie ma przypisanego kraju pochodzenia – cały dokument nie jest uwzględniany w deklaracji przywozowej.
- Jeśli wyliczona wartość pozycji nie przekracza kwoty podanej w Konfiguracji firmy/ Dane firmy/ Intrastat jako Minimalna wartość pozycji z kodami CN 99500000 – program sumuje wartość takich pozycji i wykazuje ją w pozycji z kodem CN 99500000 (kod ten jest automatycznie dopisywany do listy kodów). Podczas sumowania wartości takich pozycji dodatkowo uwzględniany jest podział ze względu na kod kraju przeznaczenia/ kod kraju wysyłki. Dla każdego kodu kraju kod 99500000 jest wykazywany odrębnie.
- W deklaracji nie są uwzględniane dokumenty, które powstały na podstawie Paragonów. Sprzedaż paragonowa zawsze dotyczy kontrahenta krajowego – status jest ustawiany automatycznie i jest przenoszony na inne dokumenty skojarzone: FA, WZ.
Jeśli deklaracja nie została jeszcze zablokowana przed zmianami istnieje możliwość jej ponownego wyliczenia. W takim przypadku z deklaracji usuwane są wszystkie pozycje i wyliczana jest od nowa. Usuwane są również powiązania pomiędzy deklaracją a poszczególnymi, uwzględnionymi w niej, dokumentami. Oznacza to, że na nowo wyliczanej deklaracji zostaną uwzględnione dotychczasowe dokumenty oraz wszystkie pozostałe spełniające warunki, a nie uwzględnione jeszcze w żadnej deklaracji.
Na deklaracji wyliczanej automatycznie użytkownik ma możliwość wprowadzania zmian. Jeśli użytkownik wprowadzi nową pozycję na deklaracji – program traktuje taką deklarację jak wypełnianą ręcznie i od tego momentu umożliwia pełną jej edycję: dodawanie, usuwanie i korygowanie wszystkich pozycji, niezależnie od tego czy były wcześniej wyliczone przez program, czy też użytkownik wprowadził je bezpośrednio na dokument.