W celu poprawnego wykazywania dokumentów VAT marża, faktura sprzedaży w tej procedurze musi mieć uzupełniony kod MR_UZ lub MR_T. Kwoty w stawce NP z takich dokumentów wykazywane są w tagu SprzedazVAT_Marza w pliku JPK_V7 – bez względu na to, czy z takim dokumentem zwykłym istnieje powiązany dokument wewnętrzny sprzedaży rozliczenia marży. Rozliczenie marży jednostkowej, czyli wygenerowany w programie powiązany dokument wewnętrzny nie powinien mieć oznaczenia WEW. Jeśli natomiast wprowadzane jest zbiorcze rozliczenie marży jako zbiorczy dokument wewnętrzny, wówczas taki dokument powinien już posiadać kod WEW.

Dokument rozliczenia marży na kwotę ujemną z kodem MR_UZ lub MR_T (dokument wewnętrzny mający zerową kwotę VAT i ujemną kwotę brutto w stawce opodatkowanej) nie jest uwzględniany przy liczeniu części deklaracyjnej. Wykazywany jest wyłącznie w części ewidencyjnej.

Dokument zakupu związanego ze sprzedażą opodatkowaną na zasadach marży powinien zostać wprowadzony do Rejestru VAT zakupu ze znacznikiem technicznym ZakupVAT_Marza. Powinien mieć zaznaczony parametr Rozliczać w VAT i wskazany odpowiedni okres, jak również pozycję ze stawką NP z uzupełnioną kwotą brutto dotyczącą zakupu w tej procedurze. Wówczas w pliku JPK_V7 taki dokument wykazywany jest w części ewidencyjnej po stronie zakupu. Znajdują się na nim dane kontrahenta z dokumentu, wraz z jego numerem NIP, numer dokumentu oraz kwota brutto oznaczona jako ZakupVAT_Marza. Taki dokument nie jest uwzględniany przy wyliczaniu kwot na części deklaracyjnej pliku JPK_V7.

W przypadku metody kasowej nie ma znaczenia fakt rozliczenia wprowadzonego w Rejestrze VAT zakupu dokumentu ze znacznikiem ZakupVAT_Marza. Jeżeli parametr Rozliczać w VAT jest zaznaczony, dokument taki jest wykazywany w pliku JPK_V7 wg domyślnej daty obowiązku podatkowego jak przy metodzie zwykłej.